Ich schreibe gerade ein R-Paket packageFoo mit RcppArmadillo. Ich habe jedoch Probleme, mein Paket in Linux zu kompilieren. Ich wäre wirklich froh, wenn mir jemand helfen könnte. Ich weiß nicht, was ich falsch mache.Verknüpfung mit RcppArmadillo (lapack) schlägt fehl: undefined Symbol: dgesdd_
Ich habe nur eine einzige CPP-Datei mit dem folgenden Header:
#include <stdio.h>
#include <string>
#include <bitset>
#include <fstream>
#include <algorithm>
#include <iostream>
#include <cmath>
#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
using namespace Rcpp;
Als ich devtools::load_all() ich folgendes erhalten:
* installing *source* package ‘packageFoo’ ...
** libs
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/Rcpp/include" -I"/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/RcppArmadillo/include" -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/Rcpp/include" -I"/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/RcppArmadillo/include" -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c functions.cpp -o functions.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o packageFoo.so RcppExports.o functions.o -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /tmp/Rtmpvf8B08/devtools_install_63383fe5bd9a/packageFoo/libs
* DONE (packageFoo)
Loading required package: Matrix
Error in dyn.load(dllfile) :
unable to load shared object '/home/user/Documents/packageFoo/src/packageFoo.so':
/home/user/Documents/packageFoo/src/packageFoo.so: undefined symbol: dgesdd_
Ich googeln um und stellte fest, dass dgesdd_ gehört lapack . Die Überprüfung der Verknüpfung mit ldd von packageFoo.so zeigt keine verknüpften lapack Bibliotheken.
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffc3615f000)
libR.so => /usr/lib/libR.so (0x00007f696e061000)
libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f696dd5d000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f696da57000)
libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f696d841000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f696d47c000)
libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3 (0x00007f696d1ff000)
libreadline.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 (0x00007f696cfb9000)
libpcre.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3 (0x00007f696cd7b000)
liblzma.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/liblzma.so.5 (0x00007f696cb59000)
libbz2.so.1.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libbz2.so.1.0 (0x00007f696c949000)
libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f696c730000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f696c528000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f696c324000)
libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f696c115000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f696bef7000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f696e831000)
libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007f696bcce000)
Meine MakeVars Datei sieht wie folgt aus:
PKG_LIBS = $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)
wie in der RcppArmadillo Dokumentation beschrieben. Und läuft R CMD config LAPACK_LIBS kehrt -llapack
Ich bin mit R 3.2.5 mit Rcpp_0.12.4, RcppArmadillo_0.6.700.3.0 und devtools_1.11.0
'MakeVars' sollte' Makevars' oder 'Makevars.win' sein und in das' src/'Verzeichnis gestellt werden. Aus reiner Neugierde, 'RcppArmadillo_0.6.500. *' Arbeit für Sie? 'devtools :: install_version ('RcppArmadillo', '0.6.500.4.0')' – coatless
Danke. Das Umbenennen von 'MakeVars' in' Makevars' löste es. Ein dummer Fehler, der hätte vermieden werden sollen, wenn wir 'RcppArmadillo.package.skeletonO()' wie von @Dirk vorgeschlagen verwendet hätten. Ich kann Dirks Antwort annehmen oder Sie geben Ihre eigene Antwort. – DUWUDA