Integrierte R/Markdown/Pandoc Bibliographien aus mehreren Quellen?

Question

Scheint wie ein einfaches Problem: Ich habe eine zusammengestellte Bibliographie von Pubmed im Medline-XML-Format. Dies funktioniert gut mit pandoc-citeproc, um Zitate zu formatieren und eine Liste von Referenzen am Ende des Dokuments zu erstellen. Ich möchte nun Zitate aus R-Paketen, die ich verwende, integrieren und eine einheitliche Bibliographie in Pandora (via Pandoc-Citeproc) erstellen.

pandoc-citeproc wird yaml- und json-bibliografien aus meiner medline xml schreiben. Ich bin in Ordnung mit einer (möglicherweise manuellen) Zusammenführung von R und Medline Zitate vor dem Ausführen von Pandoc. Aber ich sehe nichts in citation() noch in pandoc-citeproc, das in eine medline- und citation() -Ausgabe in ein allgemeines Format umgewandelt wird, das zur Erstellung der vereinheitlichten Bibliographie verwendet werden kann.

Danke für alle Hinweise, die Sie haben.

Answer 1

1. I verwendet, um das Paket bibtex R Zitierungen in eine Datei

   library(ggplot2) 
   library(plyr) 
   library(limma) 
   library(bibtex) 
   write.bib(c('bibtex', 'ggplot2', 'plyr', 'Biobase', 'limma'), file "R.citations.bib") 
   

2. pandoc akzeptiert mehrere --bibliography Argumente zu schreiben. Wichtig ist, dass wenn Bibliographie Dateinamen-Suffixe erkannt werden, können Sie verschiedene Bibliographie Formate verwenden (.medline das XML-Format des NCBI ist) und pandoc scheint alles zusammen zu setzen:

   pandoc --bibliography bib.medline --bibliography R.citations.bib file.md -o file.docx