Kohonen Paket: Fehler in der Probe (1: nd, ng, ersetzen = FALSE)

Question

Ich versuche, eine überwachte selbst organisierende Karte zu meinen Expressionsdaten (ca. 500 Gene) für 23 Proben zu führen. Die 23 Proben sind in 4 Gruppen unterteilt. Ich möchte Karten von Genen mit ähnlichen Expressionsmustern über diese 4 Gruppen erhalten.

Bei Verwendung der xyf Funktion des Kohonen Paket für supervized Modellierung,

data.xyf<-xyf(data,Y=annotation) 

Ich laufe in den folgenden Fehler:

Error in sample(1:nd, ng, replace = FALSE) : cannot take a sample larger than the population when 'replace = FALSE' 

Ich kann nicht finden, wo replace=T in der Funktion aufzurufen . Zu diesem Thema gibt es keine Informationen im Pakethandbuch.

Answer 1

Sie haben anscheinend mehr Zellen als Beobachtungen: Sie die Dimension des Gitters reduzieren in der Dokumentation wie im Beispiel ?xyf (der Standard 8 * 6).

xyf(data, Y=annotation, grid=somgrid(3,2))