OSX 10.11.5 TOPPAS v2.0.0 (66a7739)OPenMS TOPPAS nicht finden können Java
ich OpenMS und TOPPAS neu bin. Ich versuche, den hier gefundenen DeMIX TOPPAS-Workflow zu implementieren: https://github.com/userbz/DeMix
Ich glaube, ich habe alles richtig konfiguriert. Ich habe die .toppas-Datei gemäß der Readme-Datei geändert, einschließlich der Änderung aller Pfade.
Der Workflow verwendet "MSGFPlus.jar", der als der korrekte Pfad im Workflow (.toppas) angezeigt wird. Allerdings, wenn ich den Workflow laufen lasse, erhalte ich die Fehlermeldung ...
Fatal error: Java not found. Java is needed to run MS-GF+. Make sure that it can be executed by calling 'java', e.g. add the directory containing the Java binary to your PATH variable."
Ich glaube, TOPP als mein lokaler Benutzer ausgeführt wird, aber es ist nicht zu egal scheint, wenn ich wie der lokale Benutzer oder root ausführen. Der Fehler schlägt vor, dass ich überprüfe, dass Java in meinem Pfad ist, der es für den lokalen Benutzer und den Stamm zu sein scheint.
Mikes-MacBook-Pro:~ mikes$ java -version
java version "1.8.0_74"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_74-b02)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.74-b02, mixed mode)
Mikes-MacBook-Pro:~ mikes$
Mikes-MacBook-Pro:~ mikes$ sudo bash
Password:
bash-3.2# java -version
java version "1.8.0_74"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_74-b02)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.74-b02, mixed mode)
bash-3.2#
EDIT: ich versucht habe TOPPAS.app von der Kommandozeile mit 'offenen' Öffnen und das Hinzufügen von '/ usr/bin/java' zur Info.plist ... als here vorgeschlagen, aber ich bekomme immer noch den gleichen Fehler.
EDIT: Die .jar-Datei in Frage in der Befehlszeile läuft OK ...
Mikes-MacBook-Pro:MSGFPlus mikes$ java -jar ./MSGFPlus.jar -s /Users/.../DeMix-master/Example/20131106_Q2_SDC_120MIN_HELA1.mzML -d /Users/.../2016-21-07_uniprot_sprot.fasta
MS-GF+ Beta (v10089) (7/16/2014)
Loading database files...
Creating the suffix array indexed file... Size: 197666693
AlphabetSize: 28
Suffix creation: 0.00% complete.
Suffix creation: 5.06% complete.
(snip)
Sorting 0.00% complete.
Sorting 5.81% complete.
(snip)
Sorting 98.78% complete.
Loading database finished (elapsed time: 207.38 sec)
Reading spectra...
Ignoring spectrum controllerType=0 controllerNumber=1 scan=20845: spectrum is not centroided.
(snip)
Ignoring spectrum controllerType=0 controllerNumber=1 scan=21339: spectrum is not centroided.
Ignoring 421 profile spectra.
Ignoring 0 spectra having less than 10 peaks.