R circlize: Fehler in circos.initialize

Question

Ich kann dem Circlize Beispiel in der Beschreibung des Pakets auf CRAN leicht folgen:

library('circlize') 
set.seed(123) 
mat = matrix(sample(1:100, 18, replace = TRUE), 3, 6) 
rownames(mat) = letters[1:3] 
colnames(mat) = LETTERS[1:6] 
### basic settings 
par(mfrow = c(3, 2)) 
par(mar = c(1, 1, 1, 1)) 
chordDiagram(mat) 

jedoch, wenn ich ersetzen mat mit myMatrix ich diesen Fehler:

Error in circos.initialize(factors = factor(cate, levels = cate), xlim = cbind(rep(0, : 
    Since `xlim` is a matrix, it should have same number of rows as the length of the level of `factors` and number of columns of 2. 

Kann jemand erklären, warum ich diese Nachricht bekomme? Ich sehe keinen Unterschied zwischen mat und myMatrix andere als myMatrix größer:

A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z A2 B2 C2 D2 
A 1060360.659 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
B 0 32143148.75 996976.8445 0 4944648.524 5688385.041 61990.5913 0 0 0 0 -1563.225 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31922242.6 
C 0 0 6342776.843 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
D 0 0 0 28617385.81 17842142.64 0 0 0 0 0 0 0 0 409444.5633 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
E 0 0 0 4990921.202 105686446.3 536246.2188 0 0 0 0 0 0 0 8587899.583 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 378565.5746 
F 0 92732.7741 0 4282.9319 33543553.89 36773976.59 1894761.93 0 0 333209.342 0 20739.0655 327956.7365 0 1022673.163 12229.0255 0 0 386112.1743 224039.3207 0 2395066.197 268247.2897 0 0 0 0 0 0 11926701.96 
G 0 0 0 0 0 0 7753767.003 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
H 0 0 0 0 0 5184133.29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
I 0 0 0 0 462767.7374 0 0 0 8992223.296 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
J 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1950552.642 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
K 0 0 0 0 891032.5584 0 0 0 0 0 520107.9821 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26724.8402 0 0 0 418902.5203 
L 0 0 0 0 32044317.54 28147.5693 0 0 0 0 0 5383919.293 0 489912.5412 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4559115.003 
M 0 0 0 0 0 3125823.41 0 0 0 0 0 0 1738293.164 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
N 0 1053825.966 -8526.9758 1283429.314 60333051.34 2621812.931 -1130.1924 0 -779545.8004 8055145.684 918.8702 -379747.1919 -177.6205 298563606.5 -9316.8654 0 0 0 0 0 2631991.077 0 0 0 0 0 1107369.803 0 0 118812465 
O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1500451.292 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7432418.396 
P 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
Q 0 0 1496058.76 0 -4056617.74 294503 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 410.4 0 0 0 0 0 0 0 1765984767 

-Code

dd <- read.table(header = TRUE, text = " rn A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z A2 B2 C2 D2 
A 1060360.659 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
       B 0 32143148.75 996976.8445 0 4944648.524 5688385.041 61990.5913 0 0 0 0 -1563.225 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31922242.6 
       C 0 0 6342776.843 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
       D 0 0 0 28617385.81 17842142.64 0 0 0 0 0 0 0 0 409444.5633 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
       E 0 0 0 4990921.202 105686446.3 536246.2188 0 0 0 0 0 0 0 8587899.583 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 378565.5746 
       F 0 92732.7741 0 4282.9319 33543553.89 36773976.59 1894761.93 0 0 333209.342 0 20739.0655 327956.7365 0 1022673.163 12229.0255 0 0 386112.1743 224039.3207 0 2395066.197 268247.2897 0 0 0 0 0 0 11926701.96 
       G 0 0 0 0 0 0 7753767.003 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
       H 0 0 0 0 0 5184133.29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
       I 0 0 0 0 462767.7374 0 0 0 8992223.296 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
       J 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1950552.642 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
       K 0 0 0 0 891032.5584 0 0 0 0 0 520107.9821 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26724.8402 0 0 0 418902.5203 
       L 0 0 0 0 32044317.54 28147.5693 0 0 0 0 0 5383919.293 0 489912.5412 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4559115.003 
       M 0 0 0 0 0 3125823.41 0 0 0 0 0 0 1738293.164 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
       N 0 1053825.966 -8526.9758 1283429.314 60333051.34 2621812.931 -1130.1924 0 -779545.8004 8055145.684 918.8702 -379747.1919 -177.6205 298563606.5 -9316.8654 0 0 0 0 0 2631991.077 0 0 0 0 0 1107369.803 0 0 118812465 
       O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1500451.292 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7432418.396 
       P 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
       Q 0 0 1496058.76 0 -4056617.74 294503 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 410.4 0 0 0 0 0 0 0 1765984767") 

myMatrix <- as.matrix(dd[, -1]) 
rownames(myMatrix) <- dd[, 1] 
chordDiagram(myMatrix) 

Answer 1

In der alten Version von circlize, muss die Matrix einer matrix Klasse statt ein data.frame, so müssen Sie den Datenrahmen explizit konvertieren:

myMatrix = as.matrix(A + B) 

In circlize ist ein Datenrahmen für Daten, die als eine Adjazenzliste gespeichert sind (z. B. die erste Spalte für Gruppe 1, zweite Spalte für Gruppe 2, dritte Spalte für die Stärke der Beziehung).

Da read.table() immer eine data.frame Klasse zurückgibt, ist es in der neueren Version von Circlize in Ordnung, wenn die Matrix als Datenrahmen darstellt. Wenn es sich um einen Datenrahmen handelt, prüft die chordDiagram() zuerst, ob die Anzahl der Spalten größer als 3 ist und alle Spalten numerisch sind. Wenn dies der Fall ist, wird es intern in eine Matrix umgewandelt.