ggplot_stat_density2d Grundstücke für die ökologische Verteilung

Question

Ich versuche die ökologische Verteilung einiger Arten von Organismen, die ich über den Arabischen/Persischen Golf studiere, zu erfassen. Hier ist ein Beispiel eines Codes Ich habe versucht:

Backround Schicht

library(ggplot2) 
library(ggmap) 

nc <- get_map("Persian Gulf", zoom = 6, maptype = 'terrain', language = "English") 
ncmap <- ggmap(nc, extent = "device") 

Andere Schichten

ncmap+ 
    stat_density2d(data=sample.data3, aes(x=long, y=lat, fill=..level.., alpha=..level..),geom="polygon")+ 
    geom_point(data=sample.data3, aes(x=long, y=lat))+ 
    geom_point(aes(x =50.626444, y = 26.044472), color="red", size = 4)+ 
    scale_fill_gradient(low = "green", high = "red") + scale_alpha(range = c(0.00, 0.25), guide = FALSE) 

aber wird Ich mag das verwenden stat_density2d, um die Verteilungen von Hunderten von Arten zu zeigen (die in Spalten z SP1 .... SPn) über dem Gewässer statt nur Breiten- und Längengrad anzuzeigen.

Ist es auch möglich, meine Heat Map auf den Wasserkörper zu beschränken? Ich werde jede Hilfe und Empfehlungen schätze ich auf diese bitte

Answer 1

Mein Ansatz auf Ihre Frage pragmatisch ist bekommen: einfach über die Heatmap Verteilung der Schicht aus Golfstaaten setzen. Dies schneidet die Heatmap entsprechend ab. Beachten Sie jedoch, dass die Heatmap immer noch so berechnet wird, als ob sie nicht abgeschnitten wäre. Das bedeutet die Dichteberechnung ist nicht beschränkt auf den Wasserkörper nur, aber es wird einfach visuell beschnitten.

Aus Gründen der Reproduzierbarkeit wird im folgenden Code davon ausgegangen, dass Sie die von @Hammao bereitgestellte .rar-Datei entpackt und den Code im resultierenden Ordner Persian Gulf ausgeführt haben.

# get sample data 
sample.data <- read.csv("sample.data3.csv") 

Jetzt müssen wir die Landformen für die Golfstaaten bekommen. Ich benutze dafür das rworldmap Paket.

Jetzt ist es einfach eine Frage der Lagen in der richtigen Reihenfolge.

# generate plot 
ggplot(sample.data) + 

    # first we plot the density... 
    stat_density_2d(aes(x = long, y = lat, 
         fill = ..level..), 
        geom="polygon", 
        alpha = 0.5) + 

    # ... then we plot the points 
    geom_point(aes(x = long, y = lat)) + 

    # gradient options 
    scale_fill_gradient(low = "green", high = "red") + 
    scale_alpha(range = c(0.00, 0.25), guide = FALSE) + 

    # and now put the shapes of the gulf states on top 
    geom_polygon(data = gulf_simpl_fort, 
       aes(x = long, 
        y = lat, group = group), 
       color = "black", fill = "white", 
       inherit.aes = F) + 

    # now, limit the displayed map only to the gulf 
    coord_equal(xlim = c(min(PG_fort$long), max(PG_fort$long)), 
       ylim = c(min(PG_fort$lat), max(PG_fort$lat))) + 
    theme_bw()