eine ausführbare Windows-Datei in R mit Kommandozeilenoptionen Laufe

Question

Ich versuche, ein Windows-Programm AMDIS aus R genannt rufen mit dem Anruf

system("C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF") 

um eine Analyse durchzuführen (spezifizierte die /S mit wechseln) auf eine Datei namens CI23_Q_120828_01.CDF, aber es scheint, dass egal, was ich versuche, die Datei nicht korrekt geladen wird, vermutlich weil die Optionen nicht weitergegeben werden. Hat jemand eine Ahnung, was ich falsch machen könnte?

Gerade jetzt diesen Befehl entweder

1. nichts tut,
2. macht AMDIS Pop-up, aber es wird nicht geladen, die Datei I

3. angeben gibt mir den Fehler

   Warnmeldung:

laufenden Befehl 'C: /NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe/S C: /Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF' hatte Status 65535

(ich habe keine Ahnung, was in diesen unterschiedlichen Ergebnissen des gleichen Befehls führt)

(die Befehlszeilenoptionen AMDIS sind 8)

Cheers,
Tom

auf der Seite here beschrieben

EDIT:
Found it vs Schrägstriche mit nach vorn zu tun hatte - laufen

system("C:\\NIST08\\AMDIS32\\AMDIS_32.EXE C:\\Users\\Ento\\Documents\\GCMS\\test_cataglyphis_iberica\\queens\\CI23_Q_120828_01.CDF /S /E") 

scheint zu funktionieren - ich danke Ihnen allen für die Anregungen!

Answer 1

Sie haben von bquote gehört, noquote, sQuote, dQuote, quoteenquote und Quotes, gut shQuote jetzt treffen !!! :-)

Dieser kleine Funktionsaufruf funktioniert, um eine Zeichenfolge zu formatieren, die an eine Betriebssystemshell übergeben wird. Persönlich finde ich, dass ich in Backslash entkommen kann Hölle entkommen, und shQuote rettet mich. Geben Sie einfach die Zeichenfolge wie in der Befehlszeile Ihrer Wahl ('sh' für Unix alikes wie bash, csh für die C-Shell und 'cmd' für die Windows-Shell) mit shQuote und es wird es für einen Anruf von R mit System formatieren :

shQuote("C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF" , type = "cmd") 
#[1] "\"C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF\"" 

Allgemeiner können Sie shQuote wie folgt verwenden:

system(shQuote("mystring" , type = c("cmd","sh")) , ...)