Wie kann ich Knoten und Kanten aus einer Adjazenzmatrix in r färben?

Question

Ich habe zwei Adjazenzmatrizen eines dynamischen Netzwerks in Textdateien, Periode 1 und 2 in R (igraph). Ich möchte die Scheitelpunkte und Kanten, die im zweiten Netzwerk neu sind, grün färben.

Zum Beispiel das erste Netzwerk könnte wie folgt aussehen:

1 3 6 10 11 
1 NA NA NA NA NA 

3 NA NA NA NA NA 

6 NA NA NA 8.695652174 13.04347826 

10 NA NA 2.586206897 NA 3.448275862 

11 NA NA NA 2.919708029 NA 

und Änderungen dann an diesem zweiten Netz:

1 2 3 6 10 
1 NA NA NA NA NA 

2 NA NA NA NA NA 

3 NA NA NA NA NA 

6 NA NA NA 12.32091691 8.022922636 

10 NA NA 7.228915663 NA NA 

Der Code in R zu lesen:

t1 <- structure(matrix(c(NA,NA,NA,NA,NA, 
         NA,NA,NA,NA,NA, 
         NA,NA,NA,8.695652174,13.04347826, 
         NA,NA,2.586206897,NA,3.448275862, 
         NA,NA,NA,2.919708029,NA),nrow=5, ncol=5, byrow=TRUE), 
       dimnames=list(c(1,3,6,10,11), c(1,3,6,10,11))) 

t2 <- structure(matrix(c(NA,NA,NA,NA,NA, 
         NA,NA,NA,NA,NA, 
         NA,NA,NA,NA,NA, 
         NA,NA,12.32091691,8.022922636,NA, 
         NA,NA,7.228915663,NA,NA),nrow=5, ncol=5, byrow=TRUE), 
       dimnames=list(c(1,2,3,6,10), c(1,2,3,6,10))) 

t3 < - Struktur (Matrix (c) (NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA , 7,2289, NA, NA, NA, 10,4798, NA, NA, NA, NA, NA, 8.1364, NA, 3.8762, NA, NA, NA, NA, NA), nwr = 5, ncol = 5, byrow = TRUE), dimnames = Liste (c (1,3,4,6,10), c (1,3,4,6,10)))

Wie kann ich diese Netzwerke in R verknüpfen, so dass R weiß, welche Scheitelpunkte neu sind?

Answer 1

Idealerweise wäre die Lösung, graph.union zu rufen, aber das hat einige Bugs in der aktuellen Version, also hier ist eine Umgehungslösung.

Sie verwenden NA, um fehlende Kanten zu markieren, was ein bisschen seltsam ist, weil NA bedeutet, dass Sie nicht wissen, ob die Kante fehlt oder nicht. Ich werde nur die NA s durch Nullen ersetzen.

t1[is.na(t1)] <- 0 
t2[is.na(t2)] <- 0 

g1 <- graph.adjacency(t1, weighted=TRUE) 
g2 <- graph.adjacency(t2, weighted=TRUE) 

## Vertices are easy 
V(g2)$color <- ifelse(V(g2)$name %in% V(g1)$name, "black", "darkgreen") 

## Edges are a bit trickier 
el1 <- apply(get.edgelist(g1), 1, paste, collapse="-") 
el2 <- apply(get.edgelist(g2), 1, paste, collapse="-") 
E(g2)$color <- ifelse(el2 %in% el1, "black", "green") 

plot(g2, vertex.label.color="white", vertex.label=V(g2)$name)