Ich verwende R 3.3.0 auf Rstudio auf Ubuntu 14.04 und habe das Paket Affy erfolgreich installiert.ReadAffy() zu lange dauern
Wenn ich jedoch das Verzeichnis, in dem CEL Dateien sind, (mit setwd()) und geben Sie den Befehl cel1 <- ReadAffy(), gibt es keine Ausgabe. Ich gehe nicht mal die nächste Zeile mit >. Es zeigt einfach keine Ausgabe.
Auch Ctrl+C und Esc stoppen den Prozess nicht. Normalerweise funktioniert Esc um den Prozess auf meinem System zu stoppen. Hier ist der Screenshot: 
Auch wenn ich versuche, die Sitzung zu beenden, dauert es zu lange, um zu antworten. Was verursacht dieses Problem und wie löse ich es?
EDIT: Ich habe nur 3 CEL Dateien im Ordner.
EDIT # 2: Ich habe es auch für einzelne Datei angewendet, aber dauert wieder zu viel Zeit. Systemmonitor Screenshot: 
Es braucht viel CPU und viel Speicher (in GB). Was verursacht das Problem? Ich verwende einen einfachen Befehl ReadAffy(filenames = "N54.CEL"). Warum verursacht das das Problem? Jeder Vorschlag wird hilfreich sein. Irgendwie verzweifelt hier.
Macht beenden RStudio? Möglicherweise möchten Sie den Aufruf auch auf einige wenige Dateien beschränken und erhalten dann eine gute Schätzung, wie lange die gesamte gelesene Datei dauern wird. – Gopala
Es gibt nur 3 CEL-Datei im Ordner. Es funktioniert auch nicht für eine einzelne Datei. (Mit 'filenames ='). Auch das Beenden der Sitzung benötigt viel Zeit. Ich nehme an, dass Sie das gewaltsame Beenden meinen? –
Ja, und mir ist klar, dass es Zeit braucht, um alles neu zu laden. Ich beschäftige mich mit sehr großen Genexpressionsdaten und stoße auf Herausforderungen - vor allem, wenn das System keinen Speicher mehr hat oder wenn ich etwas so rechenintensiv ausführe, indem ich nicht zuerst mit kleinen Mengen experimentiere. Ich bin mir nicht sicher, was jemand anderes Ihnen zu diesem Zeitpunkt sagen kann. Remote-Debugging ist schwierig. – Gopala