Falsche Werte, wenn die Datei mit MPI IO Lesen

Question

Hier ist ein einfaches C Programm eine Datei parallel zu MPI IO Lesen:

#include <stdio.h> 
#include <stdlib.h> 

#include "mpi.h" 

#define N 10 

main(int argc, char **argv) 
{ 
    int rank, size; 
    MPI_Init(&argc, &argv); 
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank); 
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size); 

    int i0 = N * rank/size; 
    int i1 = N * (rank+1)/size; 
    printf("rank: %d, i0: %d, i1: %d\n", rank, i0, i1); 

    int i; 
    double* data = malloc((i1-i0)*sizeof(double)); 
    for (i = 0 ; i < i1-i0 ; i++) 
     data[i] = 123.; 

    MPI_File f; 
    MPI_File_open(MPI_COMM_WORLD, "data.bin", MPI_MODE_RDONLY, 
        MPI_INFO_NULL, &f); 

    MPI_File_set_view(f, i0, MPI_DOUBLE, MPI_DOUBLE, "native", 
         MPI_INFO_NULL); 

    MPI_Status status; 
    MPI_File_read(f, data, i1-i0, MPI_DOUBLE, &status); 

    int count; 
    MPI_Get_count(&status, MPI_DOUBLE, &count); 
    printf("rank %d, %d value read\n", rank, count); 

    for (i = 0 ; i < i1-i0 ; i++) { 
     printf("rank: %d index: %d value: %.2f\n", rank, i, data[i]); 
    } 

    MPI_File_close(&f); 

    MPI_Finalize(); 

    free(data); 

    return 0; 
} 

Mit einem Processus:

./read_mpi_io 

Werte lesen korrekt sind:

rank: 0, i0: 0, i1: 10 
rank 0, 10 value read 
rank: 0 index: 0 value: 0.00 
rank: 0 index: 1 value: 1.00 
rank: 0 index: 2 value: 2.00 
rank: 0 index: 3 value: 3.00 
rank: 0 index: 4 value: 4.00 
rank: 0 index: 5 value: 5.00 
rank: 0 index: 6 value: 6.00 
rank: 0 index: 7 value: 7.00 
rank: 0 index: 8 value: 8.00 
rank: 0 index: 9 value: 9.00 

Aber mit zwei processus:

mpirun -n 2 ./read_mpi_io 

ich falsche Werte (Nullen):

rank: 0, i0: 0, i1: 5 
rank: 1, i0: 5, i1: 10 
rank 0, 5 value read 
rank: 0 index: 0 value: 0.00 
rank 1, 5 value read 
rank: 1 index: 0 value: 0.00 
rank: 0 index: 1 value: 1.00 
rank: 0 index: 2 value: 2.00 
rank: 1 index: 1 value: 0.00 
rank: 1 index: 2 value: 0.00 
rank: 1 index: 3 value: 0.00 
rank: 1 index: 4 value: 0.00 
rank: 0 index: 3 value: 3.00 
rank: 0 index: 4 value: 4.00 

Was in meinem C-Code falsch?

Answer 1

Ihr Problem in der Aufruf an MPI_File_set_view(): Es ist das zweite Argument, der Offset, um die Ansicht zu starten, wird in Bytes erwartet, nicht in der Anzahl der Elemente. Hier müssen Sie also Ihr i0 Argument mit der Größe eines Elements multiplizieren, das Sie lesen möchten, nämlich sizeof(double).

die entsprechende Zeile Ersetzen durch:

MPI_File_set_view(f, i0 * sizeof(double), MPI_DOUBLE, MPI_DOUBLE, 
        "native", MPI_INFO_NULL); 

löst nur das Problem und macht den Code wie erwartet zu funktionieren.