ddply to ksmooth Funktion

Question

Ich habe einen Datenrahmen mit mehreren Spalten. die relevanten drei sind chr, pos und ratio. Ich möchte ddply zu ksmooth basierend auf chr (Chromosom) verwenden, aber immer wieder einen falschen Datenrahmen mit vielen NA Werte bekommen. Hier ist mein reproduzierbarer Datenrahmen:

d=data.frame(chr=c(rep.int(1,24),rep.int(2,15),rep.int(3,30),rep.int(4,20),rep.int(5,11)), 
      pos=c(sort(sample(1:1000, size = 24, replace = FALSE),decreasing = FALSE), sort(sample(1:1000, size = 15, replace = FALSE),decreasing = FALSE), sort(sample(1:1000, size = 30, replace = FALSE),decreasing = FALSE), sort(sample(1:1000, size = 20, replace = FALSE),decreasing = FALSE), sort(sample(1:1000, size = 11, replace = FALSE),decreasing = FALSE)), 
      ratio=seq(1:100)) 

und ddply Funktion

f <- ddply(d, .(chr), 
    function(e) { 
     as.data.frame(ksmooth(e$pos,e$ratio,"normal",bandwidth=10)) 
    }) 

Offensichtlich mache ich etwas falsch.

Danke für die Hilfe, Guy

Answer 1

Dies ist nichts zu plyr::ddply verwendet. Das Problem ist mit ksmooth. Sie wollen:

ksmooth(e$pos, e$ratio, "normal", bandwidth=10, x.points = e$pos) 

Lesen ?ksmooth für das, was x.points Mittel. Standardmäßig ist dies NULL und ksmooth wird stattdessen n.points verwenden. Dies ist die Quelle all deiner Probleme.