Overlay 2 allEffects Graphen

Question

Ich habe folgendes Modell

require(effects) 

fit<-lme(x ~ y, data, random= ~1|item) 
plot(allEffects(fit) 

fit2<-lme(x ~ y, data2, random = ~1|item) 
plot(allEffects(fit2) 

Wie kann ich mich fit und FIT2 überlagernde zeichnen können? Ich habe das Par versucht (neu = T), aber es funktioniert nicht. Die Diagramme zeichnen einzeln fein auf.

Answer 1

Ich bin mir nicht sicher, es gibt eine sehr nette Möglichkeit, dies zu tun. Normalerweise extrahiere ich die Informationen aus der Effektstruktur und zeichne sie mit ggplot auf (Gitter wäre auch möglich).

Hier ein Beispiel:

library(effects) 
library(nlme) 
library(plyr) ## utilities 

Fit ein Modell der ersten und der zweiten Hälfte einer der Standardbeispiel Datensätze:

fm1 <- lme(distance ~ age, random = ~1|Subject, 
      data = Orthodont[1:54,]) 
fm2 <- update(fm1, data = Orthodont[55:108,]) 
a1 <- allEffects(fm1) 
a2 <- allEffects(fm2) 

Extrahieren der Information aus dem efflist Objekt. Dies ist der Teil, der nicht ganz allgemein ist ... der schwierige Teil ist, die Prädiktorvariable herauszuholen.

as.data.frame.efflist <- function(x) { 
    ldply(x, 
     function(z) { 
      r <- with(z,data.frame(fit, 
            var=variables[[1]]$levels, 
            lower,upper)) 
      return(plyr::rename(r,setNames(z$variables[[1]]$name,"var"))) 
     }) 
} 

Der Einfachheit halber verwenden ldply die Ergebnisse der beiden Modelle zusammen:

comb <- ldply(list(fm1=a1,fm2=a2),as.data.frame,.id="model") 

Jetzt Grundstück:

library(ggplot2); theme_set(theme_bw()) 
ggplot(comb,aes(age,fit, 
       ymin=lower,ymax=upper, 
       colour=model,fill=model))+ 
    geom_line()+ 
    geom_ribbon(alpha=0.2,colour=NA)+ 
    geom_rug(sides="b") 

Der Teppich Grundstück Komponente ist hier ein wenig albern.