Ich benutze igraph Paket, um Motive in Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk zu erhalten, Es hat eine Vektorausgabe, Aber ich brauche Handlung oder Zeichnen von Motiven, Figur von Motiven.Wie zeichne Motive in igraph?
Code in R:
motifs(graph_object, size = 3)
Ausgang:
1 NA NA 5 3
Wie ich Grundstück von Motiven in R und IGRAPH bekommen? Hier haben wir vier Motive?
Hinweis: Diese Frage unterscheidet sich von How to mine for motifs in R with iGraph
das Motiv Construct, die Sie als „Vorlage Graph“ gesucht werden soll (zum Beispiel, erstellen Sie ein Dreieck Grafik), dann subgraph_isomorphisms verwenden, um alle Zuordnungen zu finden aus die Scheitelpunkte des Schablonengraphen aus den Scheitelpunkten Ihres Protein-Protein-Interaktionsnetzwerks, und induced_subgraph kombiniert mit lapply, um die Liste der Abbildungen in die tatsächlichen Motive umzuwandeln. Beispiel:
> pattern <- graph.full(3)
> my.graph <- grg.game(100, 0.2) # just an example graph, use yours
> iso <- subgraph_isomorphisms(pattern, my.graph) # takes a while
> motifs <- lapply(iso, function (x) { induced_subgraph(my.graph, x) })
motifs wird dann eine Liste von Graphen sein, und man kann sich ein Grundstück von einer plot() verwenden.
Danke. Es ist das, was ich brauche. –
Mögliches Duplikat von [Wie für Motive in R mit iGraph zu verwenden] (http://stackoverflow.com/questions/12374534/how-to-mine-for-motifs-in-r-with-igraph) –
Nein Meine Frage ist anders. –
Die vier Motive auf drei Knoten sind der leere Graph, eine Kante, ein 2-Stern und ein Dreieck. Die ersten zwei Motive sind nicht vollständig verbunden, so dass die zurückgegebenen Zählungen NAs sind. Fragen Sie, wie Sie die 2-Sterne und Dreiecke mit Knotenbeschriftungen plotten? –