NAs in R ersetzen - funktioniert in einem Übungsdatensatz aber Warnmeldung, wenn sie auf aktuelle Daten angewendet wird

Question

Ich habe einen Datensatz in R, der wie folgt aussieht und wie das folgende Beispiel umgeformt wurde. Ziel ist es NA-Werte in etwas anderes (zB „FALSCH“ oder „0“), die verwendet werden können, dann drehen Sie eine neue Spalte

ortho.test<-data.frame(rep("a",10));colnames(ortho.test)=("ODB6") 
ortho.test$FBGN=c("FBgn0132258","FBgn0131535","FBgn0138769","FBgn01561235","FBgn0316645","FBgn874916","FBgn5758641","FBgn5279946","FBgn67543154","FBgn2451645") 
ortho.test$Species=c("DROME","DROSI","DROSE","DROAN","DROYA","DROPS","DROPE","DROVI","DROGR","DROWI") 

ortho<-reshape(ortho.test,direction="wide",idvar="ODB6",timevar="Species") 
ortho$FBGN.DROME<-NA 
is.na(ortho) 

, die einen Vektor mir zu sagen, kehrt zu schaffen alle, aber die FBGN.DROME sind FALSCH Mit dem folgenden str() Ausgabe:

ortho[is.na(ortho)]<-0 
is.na(ortho) 

> str(ortho) 
'data.frame': 1 obs. of 11 variables: 
$ ODB6  : Factor w/ 1 level "a": 1 
$ FBGN.DROME: logi NA 
$ FBGN.DROSI: chr "FBgn0131535" 
$ FBGN.DROSE: chr "FBgn0138769" 
$ FBGN.DROAN: chr "FBgn01561235" 
$ FBGN.DROYA: chr "FBgn0316645" 
$ FBGN.DROPS: chr "FBgn874916" 
$ FBGN.DROPE: chr "FBgn5758641" 
$ FBGN.DROVI: chr "FBgn5279946" 
$ FBGN.DROGR: chr "FBgn67543154" 
$ FBGN.DROWI: chr "FBgn2451645" 
- attr(*, "reshapeWide")=List of 5 
    ..$ v.names: NULL 
    ..$ timevar: chr "Species" 
    ..$ idvar : chr "ODB6" 
    ..$ times : chr "DROME" "DROSI" "DROSE" "DROAN" ... 
    ..$ varying: chr [1, 1:10] "FBGN.DROME" "FBGN.DROSI" "FBGN.DROSE" "FBGN.DROAN" ... 

ich meine NA auf 0 ändern, die einen Vektor mir alles sagen, kehrt nun FALSCH - ein Erfolg, weil ich jetzt ac erstellen olumn mit ifelse() um anzuzeigen, welche der Zeilen keine 0 oder FALSE (oder welche Textbezeichnung ich die NA zu ersetzen) in jeder Spalte haben ...

Allerdings, wenn ich dies auf den vollen Datenrahmen anwenden die NA nicht konvertieren und ich erhalte die folgenden Warnungen

> ortho[is.na(ortho)]<-0 
There were 12 warnings (use warnings() to see them) 
> warnings() 
Warning messages: 
1: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(62938L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
2: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(67667L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
3: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(122384L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
4: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(136498L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
5: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(84764L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
6: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(162734L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
7: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(33586L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
8: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(38959L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
9: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(149363L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
10: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(846L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
11: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(98228L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
12: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(110267L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 

und dies ist die str() -Ausgabe

> str(ortho) 
    'data.frame': 17217 obs. of 13 variables: 
    $ ODB6  : Factor w/ 17217 levels "EOG60023J","EOG60023K",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... 
    $ FBGN.DROGR: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 62938 54687 54705 56261 52591 58895 52161 52477 59180 53404 ... 
    $ FBGN.DROMO: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 67667 65117 65951 66506 68291 71722 73134 68667 72523 76080 ... 
    $ FBGN.DROVI: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 122384 121133 120018 121674 NA 125620 123754 123969 127130 130755 ... 
    $ FBGN.DROWI: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 136498 136809 139642 137108 NA 141689 136363 137237 135869 132801 ... 
    $ FBGN.DROPE: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 84764 78121 81229 80829 85509 82276 79001 80267 77133 87679 ... 
    $ FBGN.DROPS: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 162734 158625 162203 158653 158028 22427 158179 13830 19898 160874 ... 
    $ FBGN.DROAN: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 33586 35261 35694 23649 33601 25796 33808 33861 25917 29992 ... 
    $ FBGN.DROER: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 38959 41203 40738 39865 38807 46087 38821 44982 47952 38091 ... 
    $ FBGN.DROYA: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 149363 153417 153106 152243 149654 147146 149664 149482 147635 144838 ... 
    $ FBGN.DROME: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 846 7219 6958 162946 525 1892 125 3510 163839 10111 ... 
    $ FBGN.DROSE: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 98228 94438 94153 102953 98068 95380 98082 92553 93497 95950 ... 
    $ FBGN.DROSI: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 110267 108223 107983 107246 110164 117494 116973 110504 106459 NA ... 
    - attr(*, "reshapeWide")=List of 5 
     ..$ v.names: NULL 
     ..$ timevar: chr "Species" 
     ..$ idvar : chr "ODB6" 
     ..$ times : Factor w/ 12 levels "DROAN","DROER",..: 3 5 10 11 6 7 1 2 12 4 ... 
     ..$ varying: chr [1, 1:12] "FBGN.DROGR" "FBGN.DROMO" "FBGN.DROVI" "FBGN.DROWI" ... 
    > 

Können Sie mir helfen, die wichtigsten Datenrahmen erhalten den Test tat mitzuspielen wie ? (PS - Ich weiß, ich werde "das ist ein Duplikat, lesen Sie die Hilfeseiten und suchen Sie richtig" Antwort - aber ich habe gesucht, wie ich herausgefunden habe, wie NA ersetzen, und ich habe keine gefunden mit dem gleichen Problem.)

Answer 1

Sie haben ein Problem mit Faktoren. Wenn Sie an Ihrem realen Datensatz anschauen, werden Sie feststellen, die

Factor w/ 164289 levels ..... 

Zum Beispiel

R> x = factor(c("A", "B")) 
R> x[x=="A"] = 0 
Warning message: 
In `[<-.factor`(`*tmp*`, x == "A", value = 0) : 
    invalid factor level, NAs generated 

Sie müssen 0 als Ebene hinzuzufügen. So etwas wie:

x = factor(x, levels=c(levels(x), 0)) 
x[is.na(x)] = 0 

sollte den Trick tun. Eine bessere Taktik wäre jedoch, zu ändern, wie Sie die Daten einlesen. Beispiel:

read.table(filename, stringsAsFactors=FALSE) 

Answer 2

Für diejenigen, deren Daten nicht aus dem Lesen einer Datei stammen. Konvertieren jeder Spalte des data.frame kann mit dieser Schleife durchgeführt werden (gilt nicht funktionieren würde, weil es eine data.frame in eine Matrix konvertiert):

for (k in 1:ncol(data)){ 
    data[[k]] <- as.character(data[[k]]) 
} 

und dann die Lösung dieses question anzuwenden, wenn der Pegel Lösung doesn arbeite nicht.