Ich habe Probleme um suche gzfiles in R. ein Beispiel hier:auf einer gz Verbindung zu suchen ist unberechenbar
set.seed(123)
m=data.frame(z=runif(10000),x=rnorm(10000))
write.csv(m,"m.csv")
system("gzip m.csv")
file.info("m.csv.gz")$size
[1] 195975
Das m.csv.gz schafft, die R sagt sie versuchen, auf kann, und die Hilfe für seek scheint zustimmen:
gzf=gzfile("m.csv.gz")
open(gzf,"rb")
isSeekable(gzf)
[1] TRUE
nun kleine Sprünge, hin und her, zu funktionieren scheint, aber wenn ich einen großen Sprung versuchen, erhalte ich eine Fehlermeldung:
seek(gzf,10)
[1] 10
seek(gzf,20)
[1] 10
seek(gzf,10)
[1] 20
seek(gzf,1000)
[1] 100
Warning message:
In seek.connection(gzf, 1000) :
seek on a gzfile connection returned an internal error
wenn ich die Verbindung zurückgesetzt und wieder starten, kann ich bis 1000 bekommen, wenn ich es in 100-Byte-Schritten tun:
for(i in seq(100,1000,by=100)){seek(gzf,i)}
seek(gzf,NA)
[1] 1000
R hat einige harte Worte über die Verwendung seek unter Windows: „Die Verwendung von ' Suche 'unter Windows wird abgeraten.' aber das ist auf einer Linux-Box (R 3.1.1, 32 Bit). Ein ähnlicher Code in Python mit der Bibliothek gz funktioniert gut und sucht überall.
R 3.2.0 ist etwas informativer:
Warning messages:
1: In seek.connection(gzf, 1000) : invalid or incomplete compressed data
2: In seek.connection(gzf, 1000) :
seek on a gzfile connection returned an internal error
Ideen? Ich habe dies jetzt als Fehlerbericht eingereicht.