generali additiver Modell data.frame.default Fehler: Sie versuchen, Nicht-Funktion anwenden

Question

Ich versuche, ein allgemeines additives Modell mit dem mgcv Paket auszuführen, aber ich erhalte eine model.frame.default Störung zu erhalten:

Error in model.frame.default(formula = Presence ~ Sex + wind_speed + baro + : 
attempt to apply non-function 

hier ist der Code ich verwende (ich benutze „bam()“ wegen der Größe des Datensatzes):

stormGAM <- bam(Presence~Sex+wind_speed+s(wind_direc)+baro+s(SST_C)+as.factor(daynight), 
      data=PJstorm_alldata, family=binomial, na.action=TRUE) 

und hier ist das, was die Daten wie folgt aussieht:

'data.frame': 31795 obs. of 25 variables: 
$ Con_hour  : num 20127330 20127340 20127350 20127360 20127370 ... 
$ Year   : int 2012 2012 2012 2012 2012 2012 2012 2012 2012 2012 ... 
$ Month   : int 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 ... 
$ Day    : int 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ... 
$ Hour   : int 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 ... 
$ Timestamp  : POSIXct, format: "2012-07-03 03:00:00" "2012-07-03 04:00:00" "2012-07-03 05:00:00" ... 
$ Date   : Date, format: "2012-07-03" "2012-07-03" "2012-07-03" ... 
$ Region   : Factor w/ 1 level "Jervis Bay": 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA ... 
$ Station   : Factor w/ 17 levels "JB1","JB10","JB11",..: 12 12 12 NA NA NA NA NA NA NA ... 
$ ReceiverID  : Factor w/ 37 levels "VR2W-100736",..: 5 5 5 NA NA NA NA NA NA NA ... 
$ TagID   : Factor w/ 54 levels "A69-1303-32577",..: 43 43 43 NA NA NA NA NA NA NA ... 
$ Sex    : Factor w/ 2 levels "Female","Male": 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA ... 
$ wind_speed  : num 11 11 10 12 11 11 14 15 20 24 ... 
$ wind_direc  : num 277 282 278 272 252 269 256 244 220 207 ... 
$ sea_level_baro : num 1018 1018 1018 1019 1019 ... 
$ baro   : num 1018 1018 1018 1019 1019 ... 
$ max_wind  : num 17 13 13 17 17 21 22 24 33 41 ... 
$ SST_C   : num 17.4 17.4 17.4 17.4 17.4 ... 
$ Presence  : int 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ gbirowsums  : int 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ Total_tagged : int 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... 
$ Prop_Present : num 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ sunrise   : POSIXct, format: "2012-07-03 07:05:34" "2012-07-03 07:05:34" "2012-07-03 07:05:34" ... 
$ sunset   : POSIXct, format: "2012-07-03 16:57:00" "2012-07-03 16:57:00" "2012-07-03 16:57:00" ... 
$ daynight  : chr "night" "night" "night" "night" ... 

Ich kann scheinbar nichts falsches mit meiner Formel finden. Ich habe überprüft, ob es Fehler gibt, bei denen die Spaltenlänge nicht übereinstimmt, und ich sehe keine fehlenden Klammern, Kommas oder +. Ich habe meinen Code mit einigen meiner Kollegen verglichen, die das mgcv-Paket verwendet haben, aber ich kann das Problem nicht herausfinden. Irgendwelche Vorschläge?

Vielen Dank für jede Hilfe.

Answer 1

Das Problem ist dieses

na.action = TRUE 

na.action erfordert eine Funktion und Sie es eine logische vergangen, (von ?bam)

na.action : a function which indicates what should happen when the data contain NA s. The default is set by the na.action setting of options , and is na.fail if that is unset. The factory-fresh default is na.omit .

Im Wesentlichen innerhalb model.frame() Sie im Grunde R fragten zu bewerten

TRUE(df) 

was zu Recht einen Fehler wirft, da TRUE keine Funktion ist, wurde noch als eine aufgerufen.

Wenn Sie Zeilen wegzulassen mit NA s nicht scheitern, wenn sie auftreten, verwendet

na.action = na.omit