Zeile aus tabulatorgetrennter Datei entfernen mit grep -v

Question

Ich habe eine tabulatorgetrennte Datei mit Spalte 1 als ID und Spalte 2 als Information. Ich habe eine zweite Datei mit einer Liste von IDs, die aus der ersten Datei entfernt werden müssen. Wenn ich grep verwende, bekomme ich entweder eine Kopie der ersten Datei ohne Änderungen oder ich bekomme eine leere Datei mit -v mit -F -f "file2.txt" Flags/Argumenten. Meine Frage ist: Wie verwende ich file2.txt, um die IDs davon mit file1 zu vergleichen, um diese Zeilen aus file1 zu entfernen, um sie in file3 auszugeben.

awk 'BEGIN{RS=">"}NR>1{sub("\n","\t"); gsub("\n",""); print RS$0}' $1 > fasta.tab 
grep -F -f $2 fasta.tab -v >rmOutput.tab 
tr '\t' \n' <rmOutput.tab >rmOutput.fas 
echo Runtime Complete 

Zeile 1: Erstellen Sie Tabula delim Datei von Eingang 1 Zeile 2: Überprüfen Eingang 2 für die Spiele und entfernen Sie diese aus dem Reiter-delim Datei Zeile 3: neu Format des Eingangs 1 (Aus Gründen der Klarheit)

EDIT: Probe I/O

Eingang 1 (tabula~~POS=TRUNC delim - nach Zeile 1):

ID1 Info1 
ID2 Info2 
ID3 Info3 
ID4 Info4 
ID5 Info5 

Eingang 2 (IDs gelöscht) werden:

ID2 
ID4 
ID5 

gewünschte Ausgabe (ab Zeile 2)

ID1 Info1 
ID3 Info3 

Answer 1

awk 'NR==FNR{a[$0];next} !($1 in a)' input2 input1 

Answer 2

Wenn es nicht zu viele verschiedene IDs es in einer einfachen Schleife zu löschen, führen, removing lines inline with sed:

# bash 
cp file1.txt out_file.txt 
for rem in `cat file2.txt` 
do 
    echo $rem 
    sed -i "/$rem/d" out_file.txt 
done 

#fish 
cp file1.txt out_file.txt 
for rem in (cat file2.txt) 
    echo $rem 
    sed -i "/$rem/d" out_file.txt 
end 

PS

antizipierend etwas Flamme von Menschen mit kryptischen bash Prozess Substitutionen und peinliche awk Skripte, lassen Sie mich sagen: in der Tat sollten Sie nicht diese sehr einfach und angenehm zu lesen Algorithmus, wenn Sie viele verschiedene IDs zu entfernen haben, jedoch nach The Holy Unix Philosophy Principles :

4. Fancy Algorithmen sind instabiler als einfache, und sie sind viel schwieriger zu implementieren. Verwenden Sie einfache Algorithmen sowie einfache Datenstrukturen. (C) Rob Pike

Und ein wichtiger ein:

Regel Klarheit: Klarheit ist besser als Klugheit.

Da die Wartung so wichtig und so teuer ist, schreiben Sie Programme so, als ob die wichtigste Kommunikation nicht der Computer ist, der sie ausführt, sondern den Menschen, die den Quellcode in Zukunft lesen und pflegen werden (einschließlich Sie selbst)).

Und auch ich füge ein Schnipsel mit fish Code hinzu.