R Hilfe Baum für MiRKAT erstellen

Question

Ich versuche, einen Baum für die Verwendung mit dem R-Paket MiRKAT zu erstellen, aber da die Dokumentation sehr schwer zu verstehen ist, hoffe ich, dass jemand hier mir helfen kann.

sind meine Daten in der Struktur:

  Acaryochloris Achromobacter Acidiphilium Acidisphaera 
Sample1    23    1   0   4     
Sample2    0    0   2   0     
Sample3    4    0   4   0     
Sample4    0   30   0   5     
Sample5    11    0   5   0     
Sample6    0    0   0   0 

Und das Paket nimmt einen Baum der Struktur in der Vignette: http://research.fhcrc.org/content/dam/stripe/wu/files/MiRKAT/MiRKAT_Vignette.pdf

:

List of 4 
$ edge  : int [1:1710, 1:2] 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 ... 
$ Nnode  : int 855 
$ tip.label : chr [1:856] "1883" "3114" "1483" "2576" ... 
$ edge.length: num [1:1710] 0.00846 0.09451 0.01012 0.01208 0.03501 ... 
- attr(*, "class")= chr "phylo"  

Die Vignette kann gefunden werden Gibt es eine Möglichkeit, meine Daten in eine solche Baumstruktur umzuwandeln? Wenn ja, kannst du irgendwelche Pakete empfehlen?

Answer 1

Sorry Leute, ich habe es selbst herausgefunden.

mydata_dist <- dist(mydata) 
mydata_hc <- hclust(mydata_dist) 
mydata_phyl <- as.phylo(mydata_hc)