Ebenso gestaffelt sind Längen in Dendrogramme

Question

In this diagram, the main information (most nodes) is on the extreme left side.

Ich möchte das Dendrogramm leicht zu lesen sind und somit sollten die Kanten proportional lang sein. Irgendwelche spezifischen Argumente zu verwenden oder ist es nur das Problem der Daten?

Answer 1

Das Paket ape bietet eine Option zum Zeichnen eines Baumes (oder Dendrogramms) ohne Kantenlängen.

library(ape) 

# calculate dendrogram from sample data 
data(carnivora) 

tr <- hclust(dist(carnivora[1:20,6:15])) 

# convert dendrogram from class 'hclust' to 'phylo' 
tr <- as.phylo(tr) 

# plot, use par(mfrow=c(1,3)) to display side by side 
plot(tr) 
plot(tr, use.edge.length = FALSE) 
plot(tr, use.edge.length = FALSE, node.depth = 2) 

Dies ruft die plot.phylo Funktion und ermöglicht es Ihnen, zu manipulieren, wie das Dendrogramm aussieht. Um die Lesbarkeit von Etiketten zu verbessern, müssen Sie möglicherweise Einstellungen innerhalb von plot basteln, die die Schriftgröße (cex = 0.7) oder den Offset des Etiketts (label.offset = 0.5) beeinflussen.