R plot filled.contour() Ausgabe in ggpplot2

Question

Ich möchte diese mit fill.contour() erstellte Figur plotten, aber in ggplot2, wie mache ich das?

Ich möchte ggplot2 verwenden, da die Konventionen für die grafische Darstellung einfacher sind. Der Grund, warum ich fill.contour() verwenden möchte, ist, weil ich geom_tile() und image.plot() probiert habe und beide sehr kachelartige Ausgaben erzeugt haben, und ich brauche eine Ausgabe, die fill.contour() ähnlich ist.

Dies ist meine Figur:

Code:

library(akima) 

df <-read.table("Petra_phytoplankton+POM_xydata_minusNAs_noduplicates.txt",header=T) 
attach(df) 
names(df) 
fld <- with(df, interp(x = longitude, y = latitude, z = d13C)) 

filled.contour.ungeoreferenced <- 
    (filled.contour(x = fld$x, 
        y = fld$y, 
        z = fld$z, 
        color.palette = 
        colorRampPalette(c("blue", "green", "yellow", 
             "orange", "red")), 
        xlab = "Longitude", 
        ylab = "Latitude", 
        key.title = title(main = "d13C", 
            cex.main = 1))) 

Snippet von Daten:

latitude longitude d13C 
-65 -70 -27.7 
-61 150 -32.2 
-61 150 -28.3 
-60 116 -26.8 
-60 116 -24.7 
-47 38 -24.8 
-38 150 -20.5 
19 -65.7 -19.9 
19 -65.5 -18.5 
18 -60.7 -20 
18 -58.5 -18.2 
18 -57.8 -19 
17 -55.4 -18.6 
17 -50.8 -18 
17 -47.1 -18.3 
17 -45.5 -19.4 
16 -43.3 -17.9 
15 -40.7 -18.5 
14 -39.3 -19.9 
12 -36.7 -19.9 
12 -36.2 -19.9 
11 -34.4 -19.2 
10 -32 -18.5 
9 -30.3 -19.3 
8 -29.2 -19.4 
7 -26.6 -18.2 
7 -25.5 -19.3 
6 23.9 -20 
3 -21.3 -20.4 

Answer 1

ich aus dem ggplot2 website das Beispiel nahm.

# Generate data 
library(reshape2) # for melt 
volcano3d <- melt(volcano) 
names(volcano3d) <- c("x", "y", "z") 

# Basic plot 
v <- ggplot(volcano3d, aes(x, y, z = z)) + 
    stat_contour(geom="polygon", aes(fill=..level..)) 

Wo x und y sind Ihre Lang und Lat und z d13C

Answer 2

Sie können die Farben optimieren, wie Sie benötigen:

gdat <- interp2xyz(fld, data.frame=TRUE) 

ggplot(gdat) + 
    aes(x = x, y = y, z = z, fill = z) + 
    geom_tile() + 
    coord_equal() + 
    geom_contour(color = "white", alpha = 0.5) + 
    scale_fill_distiller(palette="Spectral", na.value="white") + 
    theme_bw() 

Sie können die pixelation reduzieren auf Kosten einer gewissen Verarbeitungszeit durch Erhöhen der Dichte der Interpolation:

fld <- with(df, interp(x = longitude, 
         y = latitude, 
         z = d13C, 
         xo = seq(min(longitude), max(longitude), length=400), 
         duplicate="mean")) 

und reduziert auch die Binweite:

ggplot(gdat) + 
    aes(x = x, y = y, z = z) + 
    geom_tile(aes(fill=z)) + 
    coord_equal() + 
    stat_contour(aes(fill=..level..), geom="polygon", binwidth=0.005) + 
    geom_contour(color="white", alpha=0.5) + 
    scale_fill_distiller(palette="Spectral", na.value="white") + 
    theme_bw() 

HINWEIS: dass für eine spürbare wenige Sekunden auf einem anständigen Desktop-System knirschen wird. Auf meinem ziemlich bullige MacBook Pro war es:

user system elapsed 
    6.931 0.655 8.153 

Answer 3

Um Follow-up auf @ hrbrmstr-Minimal Beispiel können Sie auch ggplot2 berechnen „z“ für Sie:

library(ggplot2) 
ggplot(data = faithful, aes(x = eruptions, y = waiting)) + 
    stat_density2d(aes(colour = ..level.., fill = ..level..), geom = "polygon")