Installation Circos: Probleme GD Modul unter Mac OS

Question

Installation würde ich Circos installieren möchten. Ich folgte die instructions auf Circos Website. Insbesondere überprüfte ich Perl-Module für vermisste. Mir fehlen einige von ihnen:

missing   Font::TTF::Font 
missing   GD 
missing   GD::Polyline 
missing   SVG 
missing   Statistics::Basic 
missing   Text::Format 

So folgte ich wieder die instructions about Installing Perl Modules on Mac OS X auf Circos Website. Insbesondere folgte ich die detailed instructions in Paulo Nuin's blog post. Freetype und Fontconfig fehlten und ich installiert sie.

Nun, wenn ich die Konfiguration für libgd-2.2.1 laufen, erhalte ich diese Konfiguration Zusammenfassung:

Support for Zlib: yes 
Support for PNG library: yes 
Support for JPEG library: yes 
Support for WebP library: no 
Support for TIFF library: no 
Support for Freetype 2.x library: yes 
Support for Fontconfig library: yes 
Support for Xpm library: no 
Support for liq library: no 
Support for pthreads: yes 

Es mir gut genug aussieht. Aber wenn ich das Make laufen, bekomme ich Fehler:

clang: warning: argument unused during compilation: '-pthread' 
ld: malformed 64-bit a.b.c.d.e version number: 4.20201 
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) 
make[2]: *** [libgd.la] Error 1 
make[1]: *** [all] Error 2 
make: *** [all-recursive] Error 1 

Da es nicht funktioniert, folgte ich this recommendation on Stackoverflow und ich lief

brew install gd

(Ich hatte Gebräu zu aktualisieren, indem

cd /usr/local/Library 
git pull origin master 

tun

folgende this answer on Stackoverflow.)

Aber ich bekomme einen Fehler:

Error: You must `brew link libpng freetype` before gd can be installed 

Und wenn ich 'Gebräu Link libpng freetype' laufen lasse, erhalte ich einen anderen Fehler:

Linking /usr/local/Cellar/libpng/1.6.21... 
Error: Could not symlink bin/libpng-config 
Target /usr/local/bin/libpng-config 
already exists. You may want to remove it: 
    rm '/usr/local/bin/libpng-config' 

To force the link and overwrite all conflicting files: 
    brew link --overwrite libpng 

To list all files that would be deleted: 
    brew link --overwrite --dry-run libpng 

Jede Lösung schließlich in der Lage sein Circos zu laufen?

Vielen Dank im Voraus für Ihre Hilfe!

Answer 1

Schließlich löste ich das Problem, indem Sie die Berechtigungen in/usr/local zu ändern:

sudo chown -R $(whoami) /usr/local

die recommendations on brew webpage Im Anschluss an.

Sobald dieses Problem gelöst wurde, ich GD in Perl nur installiert, as described in the last step in Paulo Nuin's post.