Die Wahl der Sprache hängt immer davon ab, was Sie und Ihr Team am besten kennen und welches Problem Sie haben.
Es ist nicht üblich, wissenschaftliche Berechnungen mit schweren numerischen Methoden in Ruby oder PHP durchzuführen; Niemand schreibt Web-Apps in FORTRAN. Das Problem, das Sie lösen, beeinflusst die Auswahl.
Ihre Implementierungsumgebung wirkt sich auch auf die Auswahl von .NET und Java EE aus. Wenn Sie ein 100% Microsoft-Shop sind, ist .NET eine einfache Wahl. Wenn Sie eine heterogene Umgebung haben, ist Java EE vielleicht für Sie. Wenn Sie Linux mögen, ist Java EE gegenüber Mono vorzuziehen.
.NET und Java EE wurden entwickelt, um ähnliche Probleme zu lösen. Es gibt fast eine 1: 1-Entsprechung zwischen den Features in der Sprache, mit Ausnahme einiger Verbesserungen, die von .NET hinzugefügt wurden.
Es ist eine Auswahl von kleineren Übel, nehme ich an, und dann weiter, besser der Teufel, den Sie kennen. –