schnellste Format zum Laden von gespeicherten Grafikstruktur in Python-igraph

Question

Ich habe eine sehr große Netzwerkstruktur, mit der ich arbeite in igraph. Es gibt viele verschiedene Dateiformate, in die graphi Graph-Objekte schreiben und von denen sie geladen werden können. Ich habe bei der Verwendung von g.write_picklez Probleme mit dem Speicher festgestellt, und Graph.Read_Lgl() dauert etwa 5 Minuten. Ich habe mich gefragt, ob jemand bereits die zahlreichen Dateiformate für die Schreib- und Ladegeschwindigkeit sowie den Speicherbedarf profiliert hat. FYI dieses Netzwerk hat ~ 5,7m Knoten und ~ 130m Kanten.

Answer 1

Wenn Sie keine Eckpunkt- oder Kantenattribute haben, ist Ihre beste Wette eine einfache Kantenliste, d. H. Graph.Read_Edgelist(). Der Nachteil ist, dass angenommen wird, dass die Vertex-IDs im Bereich [0; | V | -1], so dass Sie eine zusätzliche Datei daneben haben müssen, in der die Zeile i den Namen des Scheitelpunkts mit ID = i enthält.