Kurze Antwort dafür ist nein! Dies ist, wie Web-Browser für eine sehr lange Zeit jetzt gemacht wurden, und Microsoft/Google/Apple/Mozilla/Opera haben dies getan, um Exploits durch File.IO und so zu vermeiden. Eigentlich sollten wir dafür dankbar sein - denn es isoliert Ihren Computer (mit all Ihren persönlichen Dingen) von der Web-Anwendung (die möglicherweise auf einem Server mit feindseligen Absichten gehostet wird).
Eigentlich gibt es eine Möglichkeit, dies zu tun, aber es würde nur für IE-Benutzer funktionieren - und die Antwort ist ActiveX-Plugins. Jetzt könnten Sie Ihr Javascript so ein Plugin erstellen und damit kommunizieren - aber wer weiß, ob ActiveX in Zukunft von IE unterstützt wird.
Also per se ist das mit HTML5/Javascript alleine nicht möglich - denken Sie nur an den Browser als Betriebssystem, auf dem Ihre Web-App läuft. Also Google, Microsoft etc + der Rest der Leute, die die HTML5-Standards entscheiden, sind diejenigen, die entscheiden, wie viel Zugriff der Entwickler bekommt. Auf Kamera-Hardware, GPS-Hardware usw. können wir zugreifen, aber wir dürfen mit dieser Hardware nicht machen, was wir wollen - es ist nicht immer die Entscheidung der Entwickler.