Ausführen eines R-Skripts mit Paketen aus Python Code

Question

Also arbeite ich gerade an einem einfachen Python-Code, um ein einfaches R-Skript auszuführen. Das R-Skript besteht nur aus etwa 6 Zeilen, verwendet aber das Paket "pracma". Unter Verwendung des Subprozess-Moduls in Python, Es führt das Skript aber mit dem typischen "Fehler in der Bibliothek (Pracma): Es gibt kein Paket namens 'Pracma'". Ich suche nur nach einer einfachen Lösung, um R-Skripte ausführen zu können, auf denen nicht-base-Pakete installiert sind. Ich weiß, dass du das irgendwie mit rpy2 machen kannst, aber ich kann das nicht mit pip installieren, und ich benutze auch Anaconda3.

Alles in allem, ich möchte nur ein einfaches Paket, das R-Skripte, die Pakete in ihnen installiert haben, laufen. Jede Hilfe würde sehr geschätzt werden.

Dies ist der relevante Teil meines Python-Code:

sp.run('Rscript Hausdorff.R', shell=True) 

bFile = open("HausdorffData/hausdorff.txt", "r") 
result = bFile.read() 
bFile.close() 
hausdorff_dist = float(result) 

return hausdorff_dist 

Das ist mein R-Skript:

library(pracma) 

setwd('HausdorffData') 

PointsA <- as.matrix(read.table("HFileA.txt", header = FALSE)) 
PointsB <- as.matrix(read.table("HFileB.txt", header = FALSE)) 

H = hausdorff_dist(PointsA, PointsB) 
write(H, file = "hausdorff.txt",ncolumns = 1, append = FALSE) 

Dies erzeugt die folgende Fehlermeldung:

Error in library(pracma) : there is no package called 'pracma' 
Execution halted 

Answer 1

Dank @ Dilettant dafür:

Auch wenn R das Skript scheinbar einzeln ausführen kann, müssen wir beim Ausführen des R-Skripts von etwas wie Python sicherstellen, dass das Skript weiß, in welchem ​​Pfad sich unsere Bibliothek befindet. Dies wird erreicht, indem diese Zeile am Anfang der Zeile hinzugefügt wird code:

Wenn der Code andere Zeilen enthält, die das Ändern des Arbeitsverzeichnisses betreffen, sind diese durch Ändern des Bibliothekspfads nicht betroffen.