Ändern der Knoten-/Vertex-Opazität in iGraph in R

Question

Ich habe ein Netzwerk, das, wenn ich es plotte, eine Anzahl von überlappenden Knoten hat. Ich möchte die Deckkraft der Farben ändern, so dass Sie Knoten unter anderen sehen können, wenn sie sich überlappen. Als Beispiel siehe dieses Video: https://vimeo.com/52390053

Ich verwende iGraph für meine Plots. Hier ist eine vereinfachte Klappentext Code:

net1 <- graph.data.frame(myedgelist, vertices=nodeslist, directed = TRUE) 

g <- graph.adjacency(get.adjacency(net1)) 

V(g)$color <- nodeslist$colors #This is a set of specific colors corresponding to each node. They are in the format "skyblue3". (These plot correctly for me). 

E(g)$color <-"gray" 

plot.igraph(g) 

Ich kann jedoch nicht eine Option in iGraph finden die Opazität der Knoten Farben zu ändern.

Irgendeine Idee, wie ich das tun könnte? Ich dachte vielleicht etwas wie V(g)$alpha <- 0.8, aber das tut nichts.

Answer 1

Sie möchten vielleicht versuchen, z. dies:

library(igraph) 
set.seed(1) 
g <- barabasi.game(200) 
plot(g, 
    vertex.color = adjustcolor("SkyBlue2", alpha.f = .5), 
    vertex.label.color = adjustcolor("black", .5)) 

Answer 2

Ein Weg, ich leichter finden steuern als die Methode von Lukea vorgesehen ist rgb() zu verwenden. Sie können Farbe (von einem Knoten, der Knoten Rahmen, EDGE, etc.) in Bezug auf seine vier Kanäle angeben: R, G, B und A (alpha):

library(igraph) 
set.seed(1) 
g <- barabasi.game(200) 
plot(g, 
    vertex.color = rgb(0,0,1,.5), 
    vertex.label.color = rgb(0,0,0,.5)) 

Ein weiterer Vorteil Sie können Alpha (oder Farbe) einfach nach einem Vektor variieren. Das Beispiel ist unten nicht gerade praktisch, aber Sie bekommen die Idee, wie diese verwendet werden könnten:

library(igraph) 
set.seed(1) 
g <- barabasi.game(200) 

col.vec <- runif(200,0,1) 
alpha.vec <- runif(200,0,1) 

plot(g, 
    vertex.color = rgb(0,0,col.vec,alpha.vec), 
    vertex.label.color = rgb(0,0,0,.5))