Verstehen Sie die Reduce-Funktion

Question

Ich habe eine Frage über die Reduce-Funktion in R. Ich lese die Dokumentation, aber ich bin immer noch ein wenig verwirrt. Also, ich habe 5 Vektoren mit Genamen. Zum Beispiel:

v1 <- c("geneA","geneB",""...) 
v2 <- c("geneA","geneC",""...) 
v3 <- c("geneD","geneE",""...) 
v4 <- c("geneA","geneE",""...) 
v5 <- c("geneB","geneC",""...) 

Und ich würde gerne herausfinden, welche Gene in mindestens zwei Vektoren vorhanden sind. Einige Leute haben vorgeschlagen:

Reduce(intersect,list(a,b,c,d,e)) 

ich sehr schätzen, wenn jemand mir bitte erklären, wie diese Aussage funktioniert, weil ich in anderen Szenarien verwendet Reduce gesehen haben. Vielen Dank!

Answer 1

Reduce nimmt eine binäre Funktion und eine Liste von Datenelementen und wendet die Funktion nacheinander rekursiv auf die Listenelemente an. Zum Beispiel:

Reduce(intersect,list(a,b,c)) 

ist die gleiche wie

intersect((intersect(a,b),c) 

Aber ich glaube nicht, dass Konstrukt Ihnen dabei helfen wird, da es nur die Elemente angezeigt werden können, die alle Vektoren gemeinsam sind.

Um die Anzahl der Vektoren zu zählen, die ein Gen in Ihnen wird die folgende tun könnte:

vlist <- list(v1,v2,v3,v4,v5) 
addmargins(table(gene=unlist(vlist), vec=rep(paste0("v",1:5),times=sapply(vlist,length))),2,list(Count=function(x) sum(x[x>0]))) 
     vec 
gene v1 v2 v3 v4 v5 Count 
    geneA 1 1 0 1 0  3 
    geneB 1 0 0 0 1  2 
    geneC 0 1 0 0 1  2 
    geneD 0 0 1 0 0  1 
    geneE 0 0 1 1 0  2 

Answer 2

Ein schöner Weg, um sehen was Reduce() tun wird, ist es mit dem Argument accumulate=TRUE zu laufen. Wenn accumulate=TRUE zurückgegeben wird, wird ein Vektor oder eine Liste zurückgegeben, in der jedes Element seinen Zustand nach der Verarbeitung der ersten n Elemente der Liste in x zeigt. Hier sind ein paar Beispiele:

Reduce(`*`, x=list(5,4,3,2), accumulate=TRUE) 
# [1] 5 20 60 120 

i2 <- seq(0,100,by=2) 
i3 <- seq(0,100,by=3) 
i5 <- seq(0,100,by=5) 
Reduce(intersect, x=list(i2,i3,i5), accumulate=TRUE) 
# [[1]] 
# [1] 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 
# [20] 38 40 42 44 46 48 50 52 54 56 58 60 62 64 66 68 70 72 74 
# [39] 76 78 80 82 84 86 88 90 92 94 96 98 100 
# 
# [[2]] 
# [1] 0 6 12 18 24 30 36 42 48 54 60 66 72 78 84 90 96 
# 
# [[3]] 
# [1] 0 30 60 90 

Answer 3

die Eingangswerte am Ende dieser Antwort gegeben Unter der Annahme, der Ausdruck

Reduce(intersect,list(a,b,c,d,e)) 
## character(0) 

gibt die Gene, die in allen Vektoren vorhanden sind, nicht die Gene, die sind in mindestens zwei Vektoren vorhanden. Es bedeutet:

intersect(intersect(intersect(intersect(a, b), c), d), e) 
## character(0) 

Wenn wir die Gene wollen, die in mindestens zwei Vektoren sind:

L <- list(a, b, c, d, e) 
u <- unlist(lapply(L, unique)) # or: Reduce(c, lapply(L, unique)) 

tab <- table(u) 
names(tab[tab > 1]) 
## [1] "geneA" "geneB" "geneC" "geneE" 

oder

sort(unique(u[duplicated(u)])) 
## [1] "geneA" "geneB" "geneC" "geneE" 

Hinweis: Wir benutzten:

a <- c("geneA","geneB") 
b <- c("geneA","geneC") 
c <- c("geneD","geneE") 
d <- c("geneA","geneE") 
e <- c("geneB","geneC")