Farbe Dendrogramm Filialen basierend auf externen Etiketten in Richtung der Wurzel, bis die Bezeichnung übereinstimmt

Question

Aus Frage Color branches of dendrogram using an existing column kann ich die Zweige in der Nähe des Blattes des Dendrogramms färben. Der Code:

x<-1:100 
dim(x)<-c(10,10) 
set.seed(1) 
groups<-c("red","red", "red", "red", "blue", "blue", "blue","blue", "red", "blue") 
x.clust<-as.dendrogram(hclust(dist(x))) 

x.clust.dend <- x.clust 
labels_colors(x.clust.dend) <- groups 
x.clust.dend <- assign_values_to_leaves_edgePar(x.clust.dend, value = groups, edgePar = "col") # add the colors. 
x.clust.dend <- assign_values_to_leaves_edgePar(x.clust.dend, value = 3, edgePar = "lwd") # make the lines thick 
plot(x.clust.dend) 

erzeugt ein Dendrogramm, wie gezeigt in: Allerdings möchte ich in Richtung der Wurzel die Zweige färben, bis alle die Blätter in dem Stromzweig den gleichen Bezeichnungen haben. Auch wenn ein einzelner Mismatch-Schalter auf die Standardfarbe Schwarz gesetzt ist. Ich möchte die resultierende dendrogram aussehen

Was ich will, ist etwas anders mit color_branches wie

x.clust.dend <-color_branches(x.clust.dend,k=3) 

weil es Farben auf der Basis seiner eigenen Cluster nicht auf einige externe Etiketten.

Answer 1

Die Funktion, die Sie suchen, ist branches_attr_by_clusters. Hier ist, wie es zu benutzen:

library(dendextend) 

x <- 1:100 
dim(x) <- c(10, 10) 
set.seed(1) 
groups <- c("red","red", "red", "red", "blue", "blue", "blue","blue", "red", "blue") 
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(x))) 

clusters <- as.numeric(factor(groups, levels = c("red", "blue"))) 
dend2 <- 
    branches_attr_by_clusters(dend , clusters, values = groups) 
plot(dend2) 

Diese Funktion wurde ursprünglich die Ergebnisse der dynamicTreeCut erstellt anzuzeigen. Siehe the vignette for another example.