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Ich führe ein Stück Code mit Python2.7 und der cProfile sagt 35s während cProfile auf Pypy sagt 73s! Wie ist das möglich unter der Annahme, Pypy ist schneller Dolmetscher. Der Code implementiert die BWT-Transformation bei der Eingabe eines Bitstroms. Ich habe zwei Dateien: bwt.py, die in fm.py aufgerufen wird. Ich rief die Funktion als:Wie ist es möglich, Python schneller als Pypy
pypy -m cProfle fm.py inputfile
und dann
python -m cProfle fm.py inputfile
Der Code von bwt.py folgende ist:
def rotations(t):
''' Return list of rotations of input string t '''
tt = t * 2
return [ tt[i:i+len(t)] for i in xrange(0, len(t)) ]
def bwm(t):
return sorted(rotations(t))
def bwtViaBwm(t):
''' Given T, returns BWT(T) by way of the BWM '''
return ''.join(map(lambda x: x[-1], bwm(t)))
def rankBwt(bw):
''' Given BWT string bw, return parallel list of B-ranks. Also
returns tots: map from character to # times it appears. '''
tots = dict()
ranks = []
for c in bw:
if c not in tots: tots[c] = 0
ranks.append(tots[c])
tots[c] += 1
return ranks, tots
def firstCol(tots):
''' Return map from character to the range of rows prefixed by
the character. '''
first = {}
totc = 0
for c, count in sorted(tots.iteritems()):
first[c] = (totc, totc + count)
totc += count
return first
def reverseBwt(bw):
''' Make T from BWT(T) '''
ranks, tots = rankBwt(bw)
first = firstCol(tots)
rowi = 0 # start in first row
t = '$' # start with rightmost character
while bw[rowi] != '$':
c = bw[rowi]
t = c + t # prepend to answer
# jump to row that starts with c of same rank
rowi = first[c][0] + ranks[rowi]
return t
def suffixArray(s):
satups = sorted([(s[i:], i) for i in xrange(0, len(s))])
print satups
return map(lambda x: x[1], satups)
def bwtViaSa(t):
# Given T, returns BWT(T) by way of the suffix array
bw = []
for si in suffixArray(t):
if si == 0:
bw.append('$')
else:
bw.append(t[si-1])
return ''.join(bw) # return string-ized version of list bw
def readfile(sd):
s=""
with open(sd,'r') as myfile:
s =myfile.read()
return s.rstrip('\n')
def writefile(sd,N):
with open(sd, "wb") as sink:
sink.write(''.join(random.choice(string.ascii_uppercase + string.digits) for _ in xrange(N)))
sink.write('$')
return
def main():
data=readfile('inp')
b=bwtViaBwm(data)
ranks,tots = rankBwt(b)
print "Input stream = "+ data
print "BWT = " + bwtViaSa(data)
print '\n'.join(bwm(data))
print ("Lc ranking:")
print zip(b,ranks)
fc=[x[0] for x in bwm(data)]
fc= ''.join(fc)
print ("First column="+ fc)
ranks,tots = rankBwt(fc)
print("Fc ranking:")
print zip(fc,ranks)
print reverseBwt(bwtViaSa(data))
if __name__=='__main__':
main()
Und das ist die Codeform die fm.py der ich nenne es durch pypy:
import bwt
import sys
from collections import Counter
def build_FM(fname):
stream=bwt.readfile(fname)
#print bwt.suffixArray(stream)
b=bwt.bwtViaBwm(stream)
ranks,tots = bwt.rankBwt(b)
lc=zip(b,ranks)
fc=[x[0] for x in bwt.bwm(stream)]
fc= ''.join(fc)
fc= zip(fc,ranks)
#print lc,fc
def main():
fname= sys.argv[1]
build_FM(fname)
return
if __name__=='__main__':
main()
bitte ein Beispiel posten – kilojoules
Wenn es länger dauert, mit Pypy zu laufen, dann scheint es, dass Ihre Annahme falsch ist .... für diesen bestimmten Code und Daten. –
@WilliamPursell Nun, ich dachte, Pypy ist immer schneller. Ich liege falsch. Ich muss suchen, welche Art von Code pypy outperforms – curious