pkgdown R-Paket build_site-Funktion bewirkt, dass abhängige Pakete nicht geladen werden können

Question

Ich verwende pkgdown Paket, um die elegante und statische Handbuchseite für R-Paket (genannt RTCGA) zu generieren. Wenn ich den Code ausführen, um die statische Dokumentation als Webseite zu produzieren Ich benutze folgende Befehle

> pkgdown::build_site() 
Initialising site ------------------------------------------------------------------------------------- 
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/jquery.sticky-kit.min.js' 
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/link.svg' 
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/pkgdown.css' 
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/pkgdown.js' 
Building home ----------------------------------------------------------------------------------------- 
Writing '/home/mkosinski/GitHub/RTCGA/docs/index.html' 
Building function reference --------------------------------------------------------------------------- 
Loading RTCGA 
Welcome to the RTCGA (version: 1.5.1). 
trying URL 'http://gdac.broadinstitute.org/runs/stddata__2015_11_01/data/ACC/20151101/gdac.broadinstitute.org_ACC.Merge_mirnaseq__illuminahiseq_mirnaseq__bcgsc_ca__Level_3__miR_gene_expression__data.Level_3.2015110100.0.0.tar.gz' 
Content type 'unknown' length 309876 bytes (302 KB) 
================================================== 
downloaded 302 KB 

Warning: Topics missing from index: RTCGA-package, theme_RTCGA 
Building articles ------------------------------------------------------------------------------------- 
Building article 'RTCGA_Workflow.html' 
Building article 'Web_Applications.html' 

Dieser Code in der Wurzel RTCGA Paket Projekt ausgewertet und gibt Informationen, dass RTCGA geladen wurde und die Dokumentation erstellt wurde.

Aber ich habe einen Fehler in der Dokumentation in den meisten Seiten gefunden - es ist ein Fehler

Error: package ‘RTCGA’ required by ‘RTCGA.rnaseq’ could not be found

So keine Beispiele erzählen kann ausgeführt werden. Außerdem, wenn ich library(RTCGA.rnaseq) laufen, nachdem ich build_site verwendet wird, kann ich nicht lastabhängig RTCGA Paket mehr

> library(RTCGA) 
> library(RTCGA.rnaseq) 
Error: package ‘RTCGA’ required by ‘RTCGA.rnaseq’ could not be found 

Als ich library(RTCGA.rnaseq) in der neuen Sitzung ausgeführt werden, ohne den Aufruf die pkgdown::build_site die abhängigen RTCGA Pakete Lasten normalerweise ohne Warnungen.

Ich vermute, dass dies durch Einstellungen verursacht wird, die build_site ausführt, aber ich habe keine Ahnung, wie Sie sie lösen und wie Sie richtige statische Dokumentation mit der Verwendung von pkgdown Paket erstellen.

Irgendwelche Kommentare?

Answer 1

Es sieht so aus, als ob ich einen fiesen Workaround gefunden habe. RTCGA Softwarepaket verwendet 8 Datenpakete in seinen Beispielen. Für jedes Datenpaket musste RTCGA geladen werden. pkgdown::build_site() verwendet devtools::load_all(), die merkwürdig nur Objekte aus RTCGA lädt, aber nicht erlaubt, dieses Paket während der Ausführung von Beispielen zu laden.

Ich habe RTCGA von Depends der Datenpakete entfernt, indem die Pakete Meta-Informationen wie

packages_to_remove_RTCGA_from_Depends <- 
    c("RTCGA.clinical", 
    "RTCGA.mutations", 
    "RTCGA.rnaseq", 
    "RTCGA.RPPA", 
    "RTCGA.mRNA", 
    "RTCGA.miRNASeq", 
    "RTCGA.methylation", 
    "RTCGA.CNV") 

sapply(packages_to_remove_RTCGA_from_Depends, function(data_package){ 
    Meta <- readRDS(file.path(.libPaths()[1], data_package, "Meta", "package.rds")) 
    Meta$Depends <- list() 
    saveRDS(Meta, file.path(.libPaths()[1], data_package, "Meta", "package.rds")) 
})