hdf5/h5py ImportError: libhdf5.so.7

Question

Ich arbeite an einem Projekt mit Netzwerk-Messaging-Warteschlangen (msgpack, zmq, ...) auf einem RHEL 6.3 (x86_64) -System. Ich habe die neuesten Pakete von glib, gevent, pygobject, pygtk und so installiert, um pylab/matplotlib zum Laufen zu bringen (was auch nicht erfolgreich war).

Nach dem Aufgeben ging ich zurück zu meinem Code und irgendwie hatte ich es geschafft, meine hdf5/h5py Installation zu zerstören - h5py kann libhdf5.so.7 beim Import nicht finden. Ich habe sofort hdf5-1.8.9 in/usr/local/hdf5 auf RHEL 6.3 (x86_64) neu installiert wie folgt:

./configure --prefix=/usr/local/hdf5 
make 
make check 
sudo make install 
make check install 

, die ganz gut zu funktionieren schien. Dann ging ich h5py (in Python 2.7.3) neu zu installieren:

python2.7 setup.py build --hdf5=/usr/local/hdf5/ 
python2.7 setup.py test # optional 
# sudo python2.7 setup.py install 

die die _errors Datei in den Tests importieren ausfallen, etwa so:

====================================================================== 
ERROR: _hl.tests.test_attrs_data (unittest.loader.ModuleImportFailure) 
---------------------------------------------------------------------- 
ImportError: Failed to import test module: _hl.tests.test_attrs_data 
Traceback (most recent call last): 
    File "/usr/local/lib/python2.7/unittest/loader.py", line 252, in _find_tests 
    module = self._get_module_from_name(name) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/unittest/loader.py", line 230, in _get_module_from_name 
    __import__(name) 
    File "/home/cronburg/Downloads/h5py-2.0.1/build/lib.linux-x86_64-2.7/h5py/_hl/tests/test_attrs_data.py", line 5, in <module> 
    import h5py 
    File "/home/cronburg/Downloads/h5py-2.0.1/build/lib.linux-x86_64-2.7/h5py/__init__.py", line 1, in <module> 
    from h5py import _errors 
ImportError: libhdf5.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory 


---------------------------------------------------------------------- 
Ran 12 tests in 0.001s 

FAILED (errors=12) 

h5py funktioniert gut, bevor ich ging zu installiere die oben genannten Pakete/Tarballs, und ich erinnere mich nicht daran, irgendetwas zu berühren, das auch nur entfernt wie hdf5 aussah. Irgendwelche Ideen?

EDIT: Der Versuch, die Datei zu suchen zeigt es nur in der Lage ich es entpackt:

cronburg@rhel:~/Downloads/h5py-2.0.1$ locate libhdf5.so.7 
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/hdf5/lib/libhdf5.so.7 
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/hdf5/lib/libhdf5.so.7.0.3 
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/src/.libs/libhdf5.so.7 
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/src/.libs/libhdf5.so.7.0.3 

Answer 1

werfen Sie einen Blick auf: http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/3/srodzaj/1/search/libhdf5.so.7()(64bit)

Oder sollte dieses Repo versuchen: https://ius.io/Packages/

Ich bevorzuge immer die aktuellste Python-Version in einem Paketformat.

https://dl.iuscommunity.org/pub/ius/stable/Redhat/6/x86_64/repoview/python27.html

sudo yum install -y https://centos6.iuscommunity.org/ius-release.rpm 
sudo yum install -y python27 
sudo yum install -y python27-devel 

ein Do pip install und glücklich sein:

$ sudo pip install h5py 
Installing collected packages: h5py 
Successfully installed h5py-2.6.0 

Answer 2

Dies auch mir passiert ist, wenn sie auf einem sauberen raspbian mit h5py. Sie müssen zuerst die Systembibliotheken installieren.

apt install libhdf5-dev 

dann

pip install h5py