Soweit MIDI auf dem Gerät, sollten Sie die Unterstützung von iOS 4.2 für Core MIDI betrachten. Die Referenzdokumentation hat die NDA noch nicht freigegeben, aber Sie können sich unter this article von Pete Goodliffe mehr über die Verwendung des Frameworks in einer iOS-Anwendung informieren.
Ich habe noch nie Fruity Loops verwendet, daher kann ich diese Anwendung nicht kommentieren. Ich habe keine Ahnung, wie Sie anders als mit AppleScript damit umgehen würden.
Im Allgemeinen, wenn Sie zwischen einem iOS-Gerät und dem Desktop kommunizieren möchten, verwenden Sie Bonjour Discovery und eine Mac-Client-Anwendung, um eine Verbindung zwischen den beiden über ein WiFi-Netzwerk herzustellen. Es liegt an Ihnen, das Kommunikationsprotokoll einzurichten und was zwischen den iOS- und Mac-Anwendungen übertragen wird. Sie könnten theoretisch die Mac-Anwendung entweder die MIDI-Datei spielen lassen oder irgendwie Fruity Loops auslösen (auch hier bin ich mir nicht sicher, ob diese Anwendung das unterstützen würde).
Ich zeige ein Beispiel für diese Bonjour-Erkennung und Mac-iOS-Kommunikation in meiner Klasse unter iTunes U, für die die Kursnotizen (einschließlich Links zu Beispielanwendungen) here gefunden werden können.