Ist es möglich, na.rm global auf TRUE zu setzen?

Question

Für Befehle wie max ist die Option na.rm standardmäßig auf FALSE eingestellt. Ich verstehe, warum dies im Allgemeinen eine gute Idee ist, aber ich würde es gerne für eine Weile reversibel abstellen - zum Beispiel während einer Sitzung.

Wie kann ich verlangen, dass R na.rm = TRUE immer dann einstellt, wenn es eine Option ist? Ich fand

options(na.action = na.omit) 

aber das funktioniert nicht. Ich weiß, dass ich eine na.rm=TRUE Option für jede Funktion, die ich schreibe, festlegen kann.

my.max <- function(x) {max(x, na.rm=TRUE)} 

Aber das ist nicht, was ich suche. Ich frage mich, ob es etwas gibt, das ich globaler/universeller machen könnte, anstatt es für jede Funktion zu tun.

Answer 1

Es ist nicht möglich na.rm zu TRUE global zu ändern. (Siehe Hong Ooi Kommentar unter der Frage.)

EDIT:

Leider ist die Antwort, die Sie nicht wollen, ist der einzige, der im Allgemeinen funktioniert. Es gibt keine globale Option dafür, wie es für na.action gibt, die nur Modellierungsfunktionen wie lm, glm, etc. betrifft (und sogar dort, es ist nicht garantiert, in allen Fällen zu arbeiten).- Hong Ooi 2. Juli '13 bei 6:23

Answer 2

Eine Abhilfe (gefährlich), ist folgendes zu tun:

1. Liste aller Funktionen, die na.rm als Argument haben. Hier habe ich meine Suche auf das Basispaket beschränkt.
2. Holen Sie jede Funktion und fügen Sie diese Zeile am Anfang ihres Körpers: na.rm = TRUE
3. Weisen Sie die Funktion zurück zum Basispaket.

Also zuerst speichere ich in einer Liste (ll) alle Funktionen na.rm als Argument haben:

uses_arg <- function(x,arg) 
    is.function(fx <- get(x)) && 
    arg %in% names(formals(fx)) 
basevals <- ls(pos="package:base")  
na.rm.f <- basevals[sapply(basevals,uses_arg,'na.rm')] 

EDIT bessere Methode, um alle na.rm Argument Funktionen zu erhalten (dank Kommentar MNEL)

Funs <- Filter(is.function,sapply(ls(baseenv()),get,baseenv())) 
na.rm.f <- names(Filter(function(x) any(names(formals(args(x)))%in% 'na.rm'),Funs)) 

So na.rm.f Liste wie folgt aussieht:

[1] "all"      "any"      "colMeans"    "colSums"     
[5] "is.unsorted"    "max"      "mean.default"   "min"      
[9] "pmax"     "pmax.int"    "pmin"     "pmin.int"    
[13] "prod"     "range"     "range.default"   "rowMeans"    
[17] "rowsum.data.frame"  "rowsum.default"   "rowSums"     "sum"      
[21] "Summary.data.frame"  "Summary.Date"   "Summary.difftime"  "Summary.factor"   
[25] "Summary.numeric_version" "Summary.ordered"   "Summary.POSIXct"   "Summary.POSIXlt" 

Dann für jede Funktion ändere ich den Körper, der Code ist inspiriert von data.table Paket (FAQ 2.23), die eine Zeile an den Anfang von rbind.data.frame und cbind.data.frame hinzufügen.

ll <- lapply(na.rm.f,function(x) 
    { 
    tt <- get(x) 
    ss = body(tt) 
    if (class(ss)!="{") ss = as.call(c(as.name("{"), ss)) 
    if(length(ss) < 2) print(x) 
    else{ 
    if (!length(grep("na.rm = TRUE",ss[[2]],fixed=TRUE))) { 
     ss = ss[c(1,NA,2:length(ss))] 
     ss[[2]] = parse(text="na.rm = TRUE")[[1]] 
     body(tt)=ss 
     (unlockBinding)(x,baseenv()) 
     assign(x,tt,envir=asNamespace("base"),inherits=FALSE) 
     lockBinding(x,baseenv()) 
     } 
    } 
    }) 

Nein, wenn Sie die erste Zeile jeder Funktion unserer Liste überprüfen,:

unique(lapply(na.rm.f,function(x) body(get(x))[[2]])) 
[[1]] 
na.rm = TRUE 

Answer 3

Für meine R-Paket, überschrieb ich die vorhandenen Funktionen mean und sum. Dank der großen Ben (Kommentare unten), veränderte ich meine Funktionen dazu:

mean <- function(x, ..., na.rm = TRUE) { 
    base::mean(x, ..., na.rm = na.rm) 
} 

Nach diesem mean(c(2, NA, 3)) = 2.5 statt NA.

Und für sum:

sum <- function(x, ..., na.rm = TRUE) { 
    base::sum(x, ..., na.rm = na.rm) 
} 

Dies wird sum(c(2, NA, 3)) = 5 statt NA ergeben.

sum(c(2, NA, 3, NaN)) funktioniert auch.