R ist defekt mit "dyld: Bibliothek nicht geladen: @ rpath/libpcre.1.dylib"

Question

Ich versuche zu folgen Brew doctor: dyld: Library not loaded & Error: No available formula for zlib, aber es hilft nicht. Ich hatte meine R heute früher arbeiten, aber ich installierte r-essentials durch conda (wie meine R ursprünglich installiert wurde) und sind jetzt die folgende Fehlermeldung erhalten:

$ which R 
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R 

$ /Users/jespinoz/anaconda/bin/R 
dyld: Library not loaded: @rpath/libpcre.1.dylib 
    Referenced from: /Users/jespinoz/anaconda/lib/R/lib/libR.dylib 
    Reason: image not found 
Trace/BPT trap: 5 

Answer 1

ich mein ganzes anaconda Verzeichnis am Ende zu löschen und neu zu installieren :(

Im Nachhinein, erkannte ich, dass ich brauchte ein Shell nur für den Fall etwas seltsam passiert zu machen, und ich musste alles wieder neu zu installieren. Jedesmal, wenn ich installieren ein neues Modul, das ich denke, wird nützlich sein, ich füge es einfach hier hinzu.

Hier sind alle meine Python und R Pakete:

# Python 
conda install xarray --yes 
conda install holoviews --yes 
conda install seaborn --yes 
conda install scikit-learn --yes 
conda install scikit-image --yes 
conda install -c https://conda.anaconda.org/biocore scikit-bio --yes 
conda install dill --yes 
conda install pandas --yes 
conda install numpy --yes 
conda install networkx --yes 
conda install scipy --yes 
pip install fastcluster 
conda install -c jjhelmus tensorflow=0.8.0rc0 --yes 
conda install bokeh --yes 
conda install BioPython --yes 
conda install tqdm --yes 
pip install git+https://github.com/pymc-devs/pymc3 
conda install dask --yes 
conda install numba --yes 
pip install nbopen 
pip install nbextensions 
pip install https://github.com/ipython-contrib/IPython-notebook-extensions/tarball/master 
conda install html5lib --yes 
pip install selenium 
conda install phantoms --yes 
pip install pubchempy —yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/rdkit rdkit --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioservices --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/ales-erjavec orange-bioinformatics 
pip install plotly 
pip install ete3 

# R 
conda install -c r r --yes 
conda install -c r r-essentials --yes 
conda install -c r r-rserve --yes 
conda install -c r r-devtools --yes 
conda install -c r r-rcurl --yes 
conda install -c r r-RJSONIO --yes 
conda install -c r r-jpeg --yes 
conda install -c r r-png --yes 
conda install -c r r-roxygen2 --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger --yes 

Answer 2

Die Datei libpcre.1.dylib ist nicht in @rpath

I libpcre.1.dylib von/opt/local/lib/ und machte symbolischen Link, wo Conda R Bibliotheken setzen, in meinem Fall

~/anaconda/lib/R/lib 

Wenn Sie diese 2 Befehle mit f ähnliche Situation haben ew Änderungen sollten Ihnen helfen

und dann wurde das Problem gelöst.

Mein GESS ist, dass, wenn Sie R bereits in Ihrem Computer und
r-Essentials installiert haben, werden später zu anaconda insatll nicht fügen Sie die libpcre.1.dylib zu Installation, da sie bereits vorhanden ist hinzugefügt. Aber als Finishing @ rpath nicht aktualisiert.