Reading * .mhd/*. Rohformat 3D-Bilder in ITK

Question

Wie zu laden und zu schreiben .mhd/ .raw Format 3D-Bilder in ITK? Ich habe versucht, den folgenden Code zu verwenden, aber es wird nicht geladen, da die Dimension des geladenen Bildes als 0,0,0 angezeigt wird.

Kann jemand bitte den Fehler aufzeigen, den ich mache?

typedef float InputPixelType; 
const unsigned int DimensionOfRaw = 3; 
typedef itk::Image< InputPixelType, DimensionOfRaw > InputImageType; 

//typedef itk::RawImageIO<InputPixelType, DimensionOfRaw> ImageIOType; 
typedef itk::ImageFileReader<InputImageType > ReaderType; 

/* 
* --------------------Loader and saver of Raws, as well the function that takes a resulting (from inference matrix/vector) and creates a Raw out of it.----------------------- 
*/ 
InputImageType::Pointer loadRawImageItk(std::string RawFullFilepathname, ReaderType::Pointer & RawImageIO) { 
    //http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1Image.html 
    //http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ImageFileReader.html 

    typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> ReaderType; 

    ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New(); 
    reader->SetFileName(RawFullFilepathname); 


    //ImageIOType::Pointer RawImageIO = ImageIOType::New(); 
    reader->SetImageIO(RawImageIO); 

    try { 
     reader->Update(); 
    } catch (itk::ExceptionObject& e) { 
     std::cerr << e.GetDescription() << std::endl; 
     exit(1); // You can choose to do something else, of course. 
    } 

    //InputImageType::Pointer inputImage = reader->GetOutput(); 
    InputImageType::Pointer inputImage = reader->GetOutput(); 

    return inputImage; 

} 


int saveRawImageItk(std::string RawFullFilepathname, InputImageType::Pointer & outputImageItkType , ImageIOType::Pointer & RawImageIO) { 
    std::cout << "Saving image to: " << RawFullFilepathname << "\n"; 

    typedef itk::ImageFileWriter<InputImageType> Writer1Type; 
    Writer1Type::Pointer writer1 = Writer1Type::New(); 

    writer1->SetInput(outputImageItkType); 
    writer1->SetFileName(RawFullFilepathname); 
    writer1->SetImageIO(RawImageIO); //seems like this is useless. 

    // Execution of the writer is triggered by invoking the \code{Update()} method. 
    try 
    { 
    writer1->Update(); 
    } 
    catch (itk::ExceptionObject & e) 
    { 
    std::cerr << "exception in file writer " << std::endl; 
    std::cerr << e.GetDescription() << std::endl; 
    std::cerr << e.GetLocation() << std::endl; 
    return 1; 
    } 

    return 0; 
} 

Answer 1

Ich habe nur die mhd und Raw-Dateien in Python liest erfolgreich den folgenden SimpleITK Code verwendet:

import SimpleITK as sitk 
import numpy as np 
def load_itk_image(filename): 
    itkimage = sitk.ReadImage(filename) 
    numpyImage = sitk.GetArrayFromImage(itkimage) 
    return numpyImage 

Vielleicht können Sie es als Referenz verwenden.

Ob Sie die ReadImage-Funktion anstelle des ImageFileReader verwenden sollten? Sie können es versuchen.

Answer 2

Hier finden Sie einige gute Beispiele für das Lesen von Dateien in Abhängigkeit von einem bekannten Format.

reader->SetImageIO(RawImageIO);

scheint die falsche Sache, hier zu tun, wenn Sie beide .mhd und .raw Dateien laden, da sie separate Formate sind, MetaImage vs Raw-Format, wo Sie tun und wissen nicht, die Bildgröße, Herkunft Abstand usw. basierend auf dem Fehlen oder der Anwesenheit eines Headers.

Wie bestimmen Sie die Größe des Bildes und bekommen (0,0,0)? Bild-> GetSize()?

Können Sie Testdaten bereitstellen?

https://itk.org/Wiki/ITK/Examples/IO/ReadUnknownImageType

https://itk.org/ITKExamples/src/IO/ImageBase/RegisterIOFactories/Documentation.html