Es klingt wie Sie eine Webanwendung haben. Es gibt zwei Möglichkeiten, wie Sie eine Website in .NET 2.0 und 3.5 implementieren können. Eine ist eine Webanwendung, in der der gesamte Code für die Site zuvor kompiliert und an einem Ort veröffentlicht wird. Die andere ist eine Website. Die Website wird kompiliert, sobald der App-Pool wiederverwendet wird. Die Website bietet die Freiheit, nur wenige Dateien oder Seiten zu übertragen, wo eine Web-App vollständig kompiliert und die gesamte Anwendung gepusht werden muss. Der Leistungsunterschied ist zwischen den beiden nicht besonders groß und die Benutzer würden den Unterschied nicht bemerken, es sei denn, Ihre Seite wird nicht oft getroffen und der Leerlaufprozess wird wiederverwendet, was dazu führen würde, dass der nächste Benutzer einige Sekunden warten muss um es zu kompilieren. Ich arbeite momentan mit Websites und unsere Website ist sehr oft betroffen, so dass die Leistungssteigerung einer Web App wirklich vernachlässigbar ist.
Hier ist ein netter kleiner Artikel erklärt den Unterschied: ASP.NET Website vs Web Application Project