Installiere xlsx und rJava auf macOS Mavericks 10.9.5

Question

Es ist ein echter Albtraum, rjava auf meinem Mac zu installieren.

Mein Setup:

MacOS 10.9.5 
Java: 7u71 (64 bits dowloaded from Oracle site) 
R: R version 3.1.1 (2014-07-10) 

Zuerst in der Kommandozeile lief ich die

sudo R CMD javareconf 

Dann ich in R lief:

install.packages('rJava') 

Der Fehler am Ende Das Kompilieren ist das:

JavaVM -F/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n 
ld: library not found for -licuuc 
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) 
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1 
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2 
make: *** [jri] Error 2 
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’ 
* removing ‘/Users/costa/Library/R/3.1/library/rJava’ 

Ich versuchte Java 8 und das Mac-Standard-Java und bekam auch den gleichen Fehler.

Ideias?

Answer 1

Ich hatte den gleichen Fehler auf meinem Computer (Mac OS 10.9.5, Java 1.8.0_11, R 3.1.1). Die Installation des neuesten Java JDK von Oracle (1.8.0_25) hat das Problem (noch) nicht gelöst. Nach der Aktualisierung von Java löste die Installation von R 3.1.2 jedoch das Problem für mich. Nach install.packages("rJava") ausgeführt wird, funktioniert dies: etwas anderes als die Java-Version in dem GUI Java Control Panel, zugänglich über die Systemeinstellungen

> library("rJava") 
> .jinit() # this starts the JVM 
> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!") 
> .jcall(s,"I","length") 
[1] 12 

Sie beachten Sie, dass die JDK Aktualisierung ist. Letzteres ist nur die JRE für das Internet-Browser-Plugin.

Answer 2

Was ich tat, als root (sudo bash) (Macports R verwenden):

• bearbeiten /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf und ändern Sie die Zeile

  LIBS = -llzma -lm -liconv -licuuc -licui18n 
  

  zu

  LIBS = -llzma -lm -liconv 
  

• Installieren Sie das Original 1.6 Mac Java

• Export JAVA_HOME=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home

• Lauf R CMD javareconf

Jetzt können Sie R starten und eine install.packages("rJava") tun. Mit der Version 1.6 von Java wurde sichergestellt, dass auch RStudio das rJava-Paket laden kann.

Wenn Sie nicht mit RStudio planen, können Sie auch Java verwenden 1.8

Answer 3

ich hatte das gleiche Problem.Ich bin mit OS X Yosemite und hatte ursprünglich installiert R durch Homebrew

führte ich die folgenden Schritte zur Behebung des Fehlers

1. Geschlossen alle Instanzen R
2. In meinem Terminal-Shell, lief sudo R CMD javareconf

3. Eröffnet R von meinem Terminal und lief:

   install_packages("rJava")

   install_packages("xlsx")

Answer 4

Mit dem alten Java SE 6 konnte ich rjava indem Sie javareconf zusammengestellt wie folgt erhalten:

JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home \ 
JAVA_CPPFLAGS=-I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.11.sdk/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/Current/Headers/ \ 
r CMD javareconf 

Answer 5

ich tatsächlich in der Lage war, mit Hilfe des Mac binären vollständig bearbeite meine Umgebung zu vermeiden um rJava auf meinem Macbook zu installieren (mit OSX Yosemite und R Version 3.2.3). Erstens haben in R die folgende rjava zu installieren:

install.packages("rJava", type = "mac.binary") 

Vermutlich dieser unabhängigen, aus irgendeinem Grund, den ich nicht xlsx installieren konnte, bis ich zum ersten Mal die xlsxjars Abhängigkeit installiert. Also folgendes in R:

Und mit diesen beiden Befehlen scheint xlsx nur gut auf einem Mac zu installieren!

Answer 6

Dieser arbeitete für mich:

sudo R CMD javareconf 

Dann wird in der R interpretor:

install.packages('rJava', type='source') 
install.packages('xlsx', type='source')