2016-05-25 11 views
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Ich habe ein Rmarkdown-Dokument, das googleVis-Bibliothek verwendet. Es funktioniert gut auf RStudio. Ich drücke einfach "HTML stricken" und "voilá": Ich bekomme ein schönes HTML.Rmarkdown schlägt fehl mit googleVis - Pandoc unterstützt nicht https - funktioniert auf RStudio

Wenn ich jedoch versuche, in der Befehlszeile zu generieren, erhalte ich einen Fehler in Pandoc.

Ich laufe gerade:

Rscript --verbose -e 'script.R' 

Wo script.R ist:

rmarkdown::render("inputFile.Rmd", output_dir=file.path("/path/to/my/dir"), output_file="outfile.html", encoding="UTF-8"); 

Der Fehler, den ich bekommen, ist dies:

(.....) 
output file: 5c86eb19-d29f-4ac6-ac35-87e72fb42bbd2787560825121738853.knit.md 

/opt/local/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS 5c86eb19-d29f-4ac6-ac35-87e72fb42bbd2787560825121738853.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output /Users/rodrigo/Documents/Nitryx/Technical/Projects/NitroERP/repository/5c86eb19-d29f-4ac6-ac35-87e72fb42bbd.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 2 --variable toc_float=1 --variable toc_selectors=h1,h2 --variable toc_collapsed=1 --variable toc_smooth_scroll=1 --template /opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/default.html --number-sections --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /var/folders/dd/y3fs2t5j1n3fg8nfq1syrzym0000gn/T//RtmpTjWUT6/rmarkdown-str301943f9d761.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/highlight --variable navigationjs=/opt/local/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/navigation-1.0 
Fetching https://www.google.com/jsapi?callback=displayChartGaugeID30195c82acb7... 
pandoc: Failed to retrieve https://www.google.com/jsapi?callback=displayChartGaugeID30195c82acb7 
user error (https not supported) 
Error: pandoc document conversion failed with error 61 
Execution halted 

Notiere die:

pandoc: Failed to retrieve https://www.google.com/jsapi?callback=displayChartGaugeID30195c82acb7 
user error (https not supported) 

Aber es funktioniert auf RStudio ...

Können Sie helfen?

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Hinweis aus der Zukunft: cdn.mathjax.org nähert sich dem Ende seines Lebens. Überprüfen Sie https://www.mathjax.org/cdn-shutting-down/, um Tipps zur Migration zu erhalten. –

Antwort

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RStudio nutzt wahrscheinlich eine andere pandoc Version als die, die Sie auf der Kommandozeile bekommen ... (siehe zB this issue.)

Versuchen Sie, die neueste pandoc Installation und stellen Sie sicher, Sie verwenden, dass mit pandoc -v

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Guter Anruf. Ich werde morgen früh nachsehen! – Chocksmith

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Sie hatten Recht. Ich hatte 4 verschiedene Versionen von Pandoc in meinem Mac: 1 von Macports installiert; 1 durch Aufbrühen installiert; 1 Ich installierte über .dmg; 1 installiert in RStudio. Es ist ein Chaos. Ich löschte ältere Versionen und behielt die .dmg eine (die neueste) und es hat funktioniert. Tks! – Chocksmith