Befehlszeilenargumente in Bash zu Rscript

Question

Ich habe ein Bash-Skript, das eine CSV-Datei und eine R-Datei erstellt, die daraus Grafiken erstellt.

Am Ende der Bash-Skript Ich nenne Rscript Graphs.R 10

Die Antwort, die ich erhalten, ist wie folgt:

Error in is.vector(X) : subscript out of bounds 
Calls: print ... <Anonymous> -> lapply -> FUN -> lapply -> is.vector 
Execution halted 

Die ersten Zeilen meiner Graphs.R sind:

#!/bin/Rscript 
args <- commandArgs(TRUE) 
CorrAns = args[1] 

Keine Ahnung, was ich falsch mache? Der Rat im Netz scheint mir zu sagen, dass dies funktionieren sollte. Es ist sehr schwer, einen Sinn zu geben commandArgs

Answer 1

Mit dem folgenden in args.R

print(commandArgs(TRUE)[1]) 

und folgende Unterlagen in args.sh

Rscript args.R 10 

Ich bekomme folgende Ausgabe von bash args.sh

[1] "10" 

und kein Fehler. Falls erforderlich, konvertieren Sie sie unter Verwendung von as.numeric(commandArgs(TRUE)[1]) in einen numerischen Typ.

Answer 2

die docs Lesen, es scheint, dass Sie zu commandArgs() Möglicherweise müssen Sie die TRUE aus dem Anruf entfernen, wie Sie mit --args das Skript nicht nennen. Entweder das oder Sie müssen Rscript Graphs.R --args 10 anrufen.

Nutzungs

commandArgs(trailingOnly = FALSE)

Argumente

trailingOnly logisch. Sollten nur Argumente nach --args zurückgegeben werden?

Answer 3

Nur eine Vermutung, vielleicht müssen Sie CorrAns von Zeichen zu numerischen konvertieren, da Wert Abschnitt ?CommandArgs sagt:

Ein Zeichen Vektor den Namen der ausführbaren Datei und die Benutzer gelieferten enthält Kommandozeilenargumente.

UPDATE: Es könnte so einfach sein wie:

#!/bin/Rscript 
args <- commandArgs(TRUE) 
(CorrAns = args[1]) 
(CorrAns = as.numeric(args[1])) 

Answer 4

Rscript args.R 10 wobei 10 der numerische Wert ist, den wir an das R-Skript übergeben möchten.

print(as.numeric(commandArgs(TRUE)[1]) gibt den Wert aus, der dann einer Variablen zugewiesen werden kann.