Speichern einer transformierten .bdf-Datei

Question

Ich habe MATLAB R2011b und EEGLab 13.4.3b verwendet, um eine Biosemi-Datei (EEG-Aufzeichnung) zu laden, die mehrere falsche Auslöser enthält. Die Position der Trigger wird in header.BDF.Trigger.POS gespeichert und der Triggertyp ist in header.BDF.Trigger.TYP.

Nach the file mit dem Laden:

header = sopen('05-AM-200-Deci.bdf','r',[1:40],'OVERFLOWDETECTION:OFF'); 

gemacht I Transformationen header.BDF.Trigger.POS und header.BDF.Trigger.TYP Vektoren und ersetzt sie.

HINWEIS: Diese Transformationen sollten keinen Unterschied machen, denn auch wenn ich nur die bdf-Datei lade und versuche, sie zu speichern, bekomme ich genau die gleichen Fehler.

Hier ist die Struktur von header (extrahiert mit get()):

header = 

    FileName: '05-AM-200-Deci.bdf' 
     FILE: [1x1 struct] 
     TYPE: 'BDF' 
     ErrNum: [1025 0] 
     ErrMsg: '' 
    keycode: [1x34 double] 
      NS: 41 
    SampleRate: 1 
      T0: [2015 7 6 17 41 44] 
     Filter: [1x1 struct] 
     FLAG: [1x1 struct] 
     EVENT: [1x1 struct] 
    VERSION: -1 
    Patient: [1x1 struct] 
     PID: '05-AM-200' 
     RID: '05-AM-200' 
    HeadLen: 10752 
    reserved1: '24BIT          ' 
     NRec: 1207 
     Dur: 1 
      AS: [1x1 struct] 
     Label: {41x1 cell} 
    Transducer: {41x1 cell} 
    PhysDim: {41x1 cell} 
    PhysMin: [1x41 double] 
    PhysMax: [1x41 double] 
     DigMin: [1x41 double] 
     DigMax: [1x41 double] 
    PreFilt: [41x80 char] 
     GDFTYP: [1x41 double] 
     SPR: 1 
    THRESHOLD: [41x2 double] 
     Cal: [1x41 double] 
     Off: [1x41 double] 
     Calib: [41x40 double] 
     BDF: [1x1 struct] 
PhysDimCode: [41x1 double] 
     ELEC: [1x1 struct] 
    LeadIdCode: [41x1 double] 
    CHANTYP: '           ' 
InChanSelect: [40x1 double] 

Ich versuchte EEGLab Funktionen unter Verwendung der transformierten Datei (header) ohne Erfolg zu speichern. Ich weiß, wie man eine bdf-Datei in EEGLab unter Verwendung der GUI speichert. Die Verwendung von GUI erlaubt jedoch keine Transformation, die ich brauche.

Um die Datei zu speichern, habe ich versucht, pop_writeeeg() und swrite(), aber keiner von ihnen funktioniert.

habe ich die folgenden Befehle:

1. erste Klappe:

   `pop_writeeeg(header);` 
   

   Returns:

   Reference to non-existent field 'trials'. 
   Error in pop_writeeeg (line 38) 
       if EEG.trials > 1 
   

2. Dann habe ich versucht:

   `pop_writeeeg(header, '05-new', 'TYPE', 'BDF');` 
   

   Welche zurückgegeben:

   `swrite(header, '05-new');` 
   

   die zurückgegeben:

   Error SWRITE can not be applied, File 05-AM-200-Deci.bdf is not opened in WRITE mode 
   

Ich bin mir ziemlich sicher, dass

Reference to non-existent field 'chanlocs'. 
Error in pop_writeeeg (line 66) 
if ~isempty(EEG.chanlocs) 

Mein nächstes nehmen swrite() die folgende Art und Weise zu verwenden, war Mir fehlt hier etwas Einfaches.

Kennt jemand, wie man umgewandelte EEG (bdf) Daten zurück zu einer bdf Datei speichert?

Answer 1

Die EEGLAB-Toolbox enthält nicht die Funktionen, die Sie benötigen; Sie wollen die Biosig toolbox (es ist ein Plugin für EEGLAB). Das Paradigma der Biosig-Funktionen ist ungewöhnlich. Es verwendet eine Datenstruktur mit dem Dateihandle in der Struktur. Um eine Datei zu öffnen und Ihre geänderten Daten zu speichern, müssen Sie die folgenden Schritte ausführen:

1) Öffnen Sie die BDF-Datei und lesen Sie die Daten ein.Dieser Schritt ruft Dateimetadaten ab und erstellt eine Struktur der Metadaten (wie in der Frage gezeigt).

[raw_data,meta_data] = sload('05-AM-200-Deci.bdf',[1:40],'OVERFLOWDETECTION:OFF'); 

2) Auch wenn die Transformationen nur Metadaten beinhalten, müssen Sie die Datei mit den Rohdaten & Metadaten neu schreiben. Ihre Daten müssen in einer Variablen mit der Größe Rows x Number_of_Channels enthalten sein. Abhängig von den Funktionen der .bdf-Datei müssen Sie möglicherweise eine zusätzliche Spalte hinzufügen, die den Statuskanal darstellt.

% do the transforms here. If it does not affect the raw data, no need to change variables. 
transformed_data = raw_data; % transformed data to be saved to a file 
meta_data.fZ = zeros([1 meta_data.NS]); 
transformed_data(:,meta_data.NS)=0; 

3) Öffnen Sie die Datei zum Schreiben WARNUNG: DIESES

meta_data = sopen(meta_data,'w'); 

4) DIE AKTEN DISK ERASE werden Ihre Daten in die Datei speichern:

swrite(meta_data,transformed_data); 

5) Schließen Sie die Datei:

sclose(meta_data); 

Ich testete thi s unter Verwendung der verfügbaren Testdateien here. Das BDF-Format ist alt und hat viele Optionen, daher gibt es in diesem Skript einen zusätzlichen Schritt, um den "Status" -Kanal (Kanal 17) zu füllen, damit er mit den Biosig-Funktionen funktioniert.

[s,hdr] = sload('Newtest17-2048.bdf');  % get the raw data from the file 
hdr.fZ = zeros([1 hdr.NS]); s(:,hdr.NS)=0; % (create "missing" channel values) 
hdr = sopen(hdr,'w');      % open the file for writing (ERASES FILE!) 
swrite(hdr,s);        % write data to the file 
sclose(hdr);        % close the file 

Der Hack für den "fehlenden Kanal" wird auch für die in der Frage verknüpfte .bdf-Datei benötigt.