Wie schleift man einen Test gegen eine bestimmte Kontrollgruppe in R?

Question

Ich bin ganz neu in der Programmierung und R, sondern habe einen Datensatz, der nur mit einem leistungsfähigeren Statistikprogramm wie R.

Ich habe ein großes, aber einfaches Daten-Set, bestehend aus Tausenden von verschiedenen Gruppen mit mehrer analysiert werden kann Beispiele, die ich gegen die Kontrollgruppe mit einem Mann Whitney U Test vergleichen möchte, Datenstruktur ist unten abgebildet.

Group, Measurements 
a  0.14534 
cont 0.42574 
d  0.36347 
c  0.14284 
a  0.23593 
d  0.36347 
cont 0.33514 
cont 0.29210 
b  0.36345 
... 

Das Problem kommt aus, dass die Art der Prüfung erfordert, dass nur zwei Gruppen bezeichnet werden. Da ich jedoch mehr als eine Gruppe habe, funktioniert das nicht.

Das ist was ich bis jetzt habe und ich sehe wie es funktioniert nicht in einer wiederholten Weise und funktioniert nur wenn ich zwei Gruppen in meiner Eingabedatei habe.

data1 = read.csv(file.choose(), header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE) 
attach(data1) 
testoutput <- wilcox.test(group ~ measurement, mu=0, alt="two.sided", conf.int=TRUE, conf.level=0.95, paired=FALSE, exact=FALSE, correct=TRUE) 
write.table(testoutput$p.value, file="mwUtest.tsv", sep="\t") 

Wie schreibe ich den Test richtig und mache eine Schleife, um alle meine Gruppen gegen meine vorgesehene Kontrollgruppe zu testen? Ich nehme an, dass die sapply oder lapply Funktionen vor dem wilcox.test verwendet werden, aber ich weiß nicht wie.

Es tut mir leid, wenn diese einfache Frage schon einmal aufgeworfen wurde, aber ich konnte keine vorherige Frage zu diesem speziellen Problem finden.

Answer 1

In R gibt es oft viele Lösungen für das gleiche Problem. Hier ist, wie ich das lösen würde.

Zunächst mag ich meine Daten geteilt und einen Datenrahmen mit Experimenten und einen mit Kontrollen habe:

experiments <- dat[dat$group!="cont",] 
controls <- dat[dat$group=="cont",] 

Dann würde ich meine experimentellen Daten von Gruppe geteilt und Futtermittel, die mit meinen Kontrollmessungen zu meinem Test zusammen . Beachten Sie, dass diese Konstruktion es einfacher macht, mehr Werte aus dem Test zu extrahieren: Geben Sie einfach einen (benannten) Vektor zurück.

result <- lapply(split(experiments, experiments$group),function(x){ 
    mytest = wilcox.test(x$measurement,controls$measurement,mu=0, alt="two.sided", conf.int=TRUE, conf.level=0.95, paired=FALSE, exact=FALSE, correct=TRUE) 
    return(mytest$p.value) 
}) 

an einem Tisch Kombination wird dann einfach:

output <- do.call(rbind,result) 

verwendet Daten:

set.seed(123) 
nobs=100 
dat <- data.frame(group=sample(c(LETTERS[1:6],"cont"),nobs,T), 
        measurement=runif(nobs),stringsAsFactors=F)