Importieren (Nicht-Bibliothek) .bam-Dateien in R

Question

Ich habe eine .bam Datei, die ich in R importieren möchte. Später möchte ich mehrere (150 +) große Dateien in R importieren und sie verarbeiten können. Experimentelle Daten, die aus Bibliotheken importiert werden, funktionieren, aber nicht meine eigene Datenmenge von meiner D:/ drive.

Ich habe versucht, mit der Verwendung des Pakets Rsamtools und verwenden die folgenden Befehle:

> filename <- "1658_AR_hisat2_sorted.bam" #Change filename as necessary 
> (bf <- BamFile(filename)) 

, die die folgende Ausgabe erzeugt:

class: BamFile 

path: 1658_AR_hisat2_sorted.bam 

isOpen: FALSE 

yieldSize: NA 

obeyQname: FALSE 

asMates: FALSE 

qnamePrefixEnd: NA 

qnameSuffixStart: NA 

Aber als ich dann laufen:

> bam <- scanBam(bf, param=param) 

Fehler im Wert [3L] : fehlgeschlagen BamFile öffnen: Datei (en) nicht vorhanden ist: '1658_AR_hisat2_sorted.bam'

Warum ist die Datei nicht vorhanden? Könnte es sein, dass die Datei zu groß ist?

Answer 1

versuchen, diese

bam <- scanBam(BamFile(file.choose()), 
       param=param) 

und wählen Sie Ihre Datei

# list of .bam 
dat_bam <- list.files(path = ".", pattern = ".bam", all.files = FALSE, 
      full.names = FALSE, recursive = FALSE, 
      ignore.case = FALSE, include.dirs = FALSE, no.. = FALSE) 
# import all 
list_bam <- lapply (dat_bam , scanBam)