bioinformatics

1Hitze

1Antwort

Wie erstellt man eine Schleife, um eine Funktion basierend auf Strings in einer Spalte zu berechnen?

Ich habe eine data.frame, die wie folgt aussieht: für jede Population SNP CLST A1 A2 FRQ IMP POS CHR BVAL 1 rs2803291 Brahui C T 0.660000 0 1882185 1 878 2 rs2803291 Balochi C T

r loops dataframe bioinformatics 2016-07-22

---

1Hitze

1Antwort

Python: Multiple Consensus-Sequenzen

Ausgehend von einer Liste von DNA-Sequenzen, muss ich im Gegenzug alle möglichen Konsensussequenzen (die resultierende Sequenz mit der höchsten Nukleotidfrequenz an jeder Position) Sequenzen haben. We

python bioinformatics rosalind 2016-07-26

---

1Hitze

3Antwort

gsub in Spalten Wert im Datenrahmen

Ich habe eine Datei mit mehreren Spalten. Ich zeige zwei Spalten, in denen ich interessiert zwei Spalten am Probe.Set.ID Entrez.Gene A01157cds_s_at 50682 A03913cds_s_at 29366 A04674cds_s_at

regex r dataframe bioinformatics 2016-07-26

---

0Hitze

1Antwort

Bestimmen Sie, welche Krankheit zusammen Cluster

Wie kann ich feststellen, welche Krankheiten zusammen Cluster? Ich habe einen Datensatz mit Patienten und ihren Krankheiten. Es ist als HOHT = 1 codiert, wenn sie es haben, und HOHT = 0, wenn sie es n

statistics sas bioinformatics 2016-07-26

---

0Hitze

1Antwort

schreibe Werte für ähnliche Zeilen

Ich bin stecken, wie man ein Problem löst. Ich habe eine Matrix mit folgendem Format: Sequence Position Raw Binding (log ratio) UC001AOZ.3 146 -0.746 UC001AOZ.3 147 -1.27 UC001AOZ.3 148 -1.6

r matrix dataframe formatting bioinformatics 2016-07-27

---

2Hitze

3Antwort

Lesen in der Datei Block für Block unter Verwendung der angegebenen Trennzeichen in Python

Ich habe eine input_file.fa Datei wie diese (FASTA-Format): > header1 description data data data >header2 description more data data data Ich möchte zu einem Zeitpunkt in der Datei ein Brocken

python python-3.x bioinformatics fasta 2016-07-29

---

0Hitze

1Antwort

Wie PBS Skript ketten?

Ich versuche, dieses Bit PBS-Code auszuführen, wo ich Teil 2 nach Abschluss von Teil1 ausführen möchte, aber aus irgendeinem Grund führt Teil2 nach Abschluss Teil1 nicht ausführen. Wie kann ich das Te

bash sh bioinformatics hpc pbs 2016-07-29

---

0Hitze

1Antwort

Abflachung einer DataMatrix von DataMatrices

Ich erhalte Microarray-Daten von NCBI mit der getgeodata() Methode. Dies liefert eine Struktur, mit einem Feld Daten, die eine DataMatrix ist, wobei jede Spalte eine andere Probe darstellt und Zeilen

matlab bioinformatics data-manipulation 2016-07-29

---

3Hitze

2Antwort

Windows-Programm unter Wein mit gnu parallel

ausführen Ich habe ein sehr einfaches Skript, um mehrere Kopien eines Windows-Populationsgenetikprogramms (msvar.exe) unter Wine auszuführen. Es verwendet "find", um mehrere Ordner nach einer Initiali

parallel-processing gnu bioinformatics wine 2016-08-01

---

1Hitze

1Antwort

Doppelte oder Linien basierend auf Spaltenwert replizieren

Ich mag würde eine 6-Säule nehmen (~ 1,3 Millionen Linie) Datei und kopieren Sie die auf dem Wert in der Spalte basierend Linien 4. Eingang: chr1 6209 6234 2 255 + chr1 6686 6710 1 255 + chr1 6755 6

unix command-line bioinformatics 2016-08-09

---