bioinformatics

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Erzeugung synthetischen DNA-Sequenz mit Subtitution Rate

Bei diesen Eingängen: my $init_seq = "AAAAAAAAAA" #length 10 bp my $sub_rate = 0.003; my $nof_tags = 1000; my @dna = qw(A C G T); Ich mag generieren: Eintausend Länge-10-Tags für jede Position Su

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Wie kann ich mehrere Motive (Teilstring) in einer Proteinsequenz (String) finden?

Das folgende Skript dient zum Auffinden eines Motivs in einer Proteinsequenz. use strict; use warnings; my @file_data=(); my $protein_seq=''; my $h= '[VLIM]'; my $s= '[AG]'; my $x= '[ARNDCEQGHI

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multiFASTA Dateiverarbeitung

Ich war neugierig zu wissen, ob es ein Bioinformatik-Tool da draußen gibt, das eine multiFASTA-Datei verarbeiten kann, die mir Informationen wie Anzahl der Sequenzen, Länge, Nucleotid-/Aminosäuregehal

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Welche funktionalen Programmiersprachen haben Bioinformatik-Bibliotheken?

Für welche funktionalen Programmiersprachen sind Bioinformatik-Bibliotheken leicht verfügbar? (nicht Multi-Paradigma Sprachen sind wie Ruby) aktualisieren: Listing die wichtigsten funktionalen Program

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Finden Sie passende Schlüssel in zwei großen Wörterbüchern und tun es schnell

Ich versuche, entsprechende Schlüssel in zwei verschiedenen Wörterbüchern zu finden. Jeder hat etwa 600k Einträge. Sagen Sie zum Beispiel: myRDP = { 'Actinobacter': 'GATCGA...TCA', 'subtilus sp.': 'AT

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Wie kann ich mit UniProt über HTTP in Python sprechen?

Ich versuche, einige Ergebnisse von UniProt zu erhalten, die eine Proteindatenbank ist (Details sind nicht wichtig). Ich versuche ein Skript zu verwenden, das von einer ID zur anderen übersetzt. Ich k