bioinformatics

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Wie konvertiere ich die drei Buchstaben Aminosäure Codes in einen Buchstaben Code mit Python oder R?

Ich habe eine Fasta-Datei wie unten gezeigt. Ich möchte den three letter codes in einen Buchstabencode umwandeln. Wie kann ich das mit Python oder R machen? >2ppo ARGHISLEULEULYS >3oot METHISARGARG

python r bioinformatics biopython 2012-10-06

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Teil der Zeichenfolge nach "." Entfernen

Ich arbeite mit NCBI Referenzsequenz Zugangsnummern wie variable a: a <- c("NM_020506.1","NM_020519.1","NM_001030297.2","NM_010281.2","NM_011419.3", "NM_053155.2") Um Ich brauche die .1, .2 usw. nac

r regex string bioinformatics biomart 2012-05-16

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Globale paarweise Sequenzausrichtung mit maximaler Lückenlänge 3

Ich versuche, zwei Sequenzen mit einer linearen Lückenstrafe global auszurichten. Das Problem ist bisher einfach. Jedoch ist maximal zulässige Spaltlänge 3. Zum Beispiel ACDDABB AA BB --- erlaubt, abe

java algorithm sequence dynamic-programming bioinformatics 2012-04-01

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Multpile stdin mit subprocess.call in Python (für Bowtie)

Ich habe ein peinliches Problem mit dem Subprocess.call-Operator in Python für ein Skript. Ich muss ein Pipeline-Programm (bowtie) mehrmals ausführen und dann die Ausgabe auf verschiedene Arten verwen

python bioinformatics subprocess 2012-04-03

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Können Sie blastn verwenden, um nach genauen Übereinstimmungen zu suchen?

Ich muss wissen, auf welche Themen eine Abfrage und wo, und diese Übereinstimmung muss 100% sein. Gibt es eine Möglichkeit, dies mit Blastall zu tun? Danke.

bioinformatics blast 2012-04-04

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C: Pars char Array von Ziffern durch Zeichen getrennt und Ziffern in Ganzzahlen drehen

Ich habe ein Problem mit einigen Zeichenfolgen von einem Sequenz-Alignment-Programm (das ist ein Bioinformatik-Projekt) erstellt. Ich versuche, ein vorhandenes C-Programm, das Ausrichtungsdateien anal

c string bioinformatics atoi 2012-04-06

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Perl: Finde den maximalen Wert eines Hash und berechne die Durchschnittswerte

Nach einer großen Pause von ~ 6 Monaten bin ich zurück in der Welt von Perl und Bioinformatik, unter einem anderen Wissenschaftler. Aber die allererste Aufgabe ist anders als die, die ich beim letzten

arrays perl hash bioinformatics 2012-12-19

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Blast Zwei Sequenzen aus einem Python-Skript

Ich habe eine Liste von Proteinpaaren und möchte die Geschwindigkeit und Genauigkeit von "BLAST Two Sequences" mit einem Smith-Waterman-Programm für die Ausrichtung vergleichen. Ich weiß, dass es eine

alignment bioinformatics biopython 2012-04-15

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Rekursive Generatoren in Python

Ich schrieb eine Funktion, um einen Generator zurückzugeben, der jede eindeutige Kombination von Teilzeichenfolgen eine bestimmte Länge enthält, die mehr als n Elemente aus einer primären Zeichenfolge

python recursion generator bioinformatics 2012-04-22

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Profiling SVM (E1071) in R

Ich bin neu zu R und SVMs und ich versuche Profil svm Funktion von e1071 Paket. Ich kann jedoch keine große Datenmenge finden, die es mir ermöglicht, einen guten Profiling-Bereich von Ergebnissen zu e

r statistics machine-learning bioinformatics svm 2012-06-13

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