blast

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Python-Implementierung von BLAST Alignment-Algorithmus?

Kennt jemand eine reine Python-Implementierung der BLAST-Ausrichtung? Ich versuche, diesen Algorithmus zu studieren ...

python alignment blast 2010-08-13

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Können Sie blastn verwenden, um nach genauen Übereinstimmungen zu suchen?

Ich muss wissen, auf welche Themen eine Abfrage und wo, und diese Übereinstimmung muss 100% sein. Gibt es eine Möglichkeit, dies mit Blastall zu tun? Danke.

bioinformatics blast 2012-04-04

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Datenbank-Betreff-Sequenz mit Fehlanpassungen mit NCBI-Befehlszeile Blast

Ich verwende Blast Befehlszeile. Die Abfrage (Länge 9) ist ADZTZZETK, aber wenn sie gegen die Datenbanksequenz gestrahlt wird, ergibt sie eine Ausrichtung der Länge 8 (ADZTZZET: ADZTZZET). Dies bedeut

blast ncbi 2016-03-21

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Erhalte den "Fehler: Zu viele Positionsargumente (1), der störende Wert: qseqid" bei der Verwendung von blast + php

Ich benutze ein PHP-Skript, und ich brauche blastp, um einige Daten wiederherzustellen. Dies funktioniert gut, wenn ich es in der Eingabeaufforderung ausführen. blastp -query test_query.fa -db notas.f

php arguments blast 2016-07-11

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Parsing Xml-Datei in Python, die Multifasta enthält BLAST Ergebnis

Ich versuche, XML-Datei zu analysieren, die multifasta BLAST Ergebnis enthält - hier ist die link - es ist etwa 400kB groß. Das Programm sollte vier Sequenznamen zurückgeben. Jedes nächstes Ergebnis s

python xml bioinformatics biopython blast 2016-04-15

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