Datenbank-Betreff-Sequenz mit Fehlanpassungen mit NCBI-Befehlszeile Blast

Question

Ich verwende Blast Befehlszeile. Die Abfrage (Länge 9) ist ADZTZZETK, aber wenn sie gegen die Datenbanksequenz gestrahlt wird, ergibt sie eine Ausrichtung der Länge 8 (ADZTZZET: ADZTZZET). Dies bedeutet, dass das letzte, 9. Zeichen der Suchsequenz K mit der Datenbanksequenz nicht übereinstimmt. Allerdings möchte ich immer noch das 9. nicht übereinstimmende Zeichen der Datenbanksequenz erhalten. Könnte mir jemand sagen, welche Option ich dafür in der Befehlszeile verwenden soll?

Answer 1

Leider glaube ich nicht, dass Sie die vollständige Abfrage oder Betreff-Sequenz von BLAST erhalten können. Wenn Sie unter outfmt Optionen in der command-line documentation suchen, ist die nächste Option sseq, die Aligned part of subject sequence sagt. Wenn Sie die Datenbank im Format FASTA herunterladen können, können Sie diese Datei separat analysieren und die Betreffsequenz abrufen.