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Wie bekomme ich Genfunktionen im FASTA-Nukleotidformat von NCBI mit Perl?

ich in der Lage bin eine FASTA-Datei zum Herunterladen sieht manuell dass wie: >lcl|CR543861.1_gene_1... ATGCTTTGGACA... >lcl|CR543861.1_gene_2... GTGCGACTAAAA... indem Sie auf „Senden an“ und „G

database perl fasta bioperl ncbi 2014-02-27

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Ruft das efetch() von Bio.Entrez alle Metadaten eines PubMed-Artikels ab?

Ich frage mich, ob Bio.Entrez 's efetch() ruft alle Metadaten eines PubMed-Artikels, gegeben eine PMID als Eingabe. Mit allen Metadaten meine ich, ob PubMed mehr Metadaten als das hat, was efetch() ab

python biopython ncbi pubmed 2016-06-27

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Können Sie mehr als eine Datenbank gleichzeitig durchsuchen mit biopython

Meine Aufgabe ist es, E-Utilties bei NCBI zu verwenden, um die Anzahl der eingereichten Dokumente über die Crispr/Cas9-System für jedes der letzten 10 Jahre abrufen. Wie würde ich mehrere Datenbanken

python database search biopython ncbi 2016-05-09

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Datenbank-Betreff-Sequenz mit Fehlanpassungen mit NCBI-Befehlszeile Blast

Ich verwende Blast Befehlszeile. Die Abfrage (Länge 9) ist ADZTZZETK, aber wenn sie gegen die Datenbanksequenz gestrahlt wird, ergibt sie eine Ausrichtung der Länge 8 (ADZTZZET: ADZTZZET). Dies bedeut

blast ncbi 2016-03-21

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Wie fügen Sie in einem Hash zwei Werte für denselben Schlüssel hinzu, anstatt sie zu überschreiben?

Grundsätzlich habe ich diese Dateien (Medline von NCBI). Jeder ist einem Zeitschriftentitel zugeordnet. Jeder hat 0, 1 oder mehr Genbankidentifikationsnummern (GBIDs). Ich kann die Anzahl der GBIDs pr

ruby hash ncbi 2012-04-13

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Wie extrahiert man die ersten Trefferelemente aus einer XML-NCBI-BLAST-Datei?

Ich versuche, nur den ersten Treffer aus einer NCBI xml BLAST-Datei zu extrahieren. Als nächstes möchte ich nur die erste HSP bekommen. Auf der letzten Stufe möchte ich diese auf der Grundlage des bes

python xml bioinformatics elementtree ncbi 2009-12-20

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Wie kann ich entsprechende Fasta-Proteinsequenzen aus ncbi aus mehreren Accession-Nummern in Python zurückgeben?

Ich habe Schwierigkeiten beim Herunterladen von Fasta-Sequenzen für mehrere Zugriffsnummern in einer Textdatei mit einem Python-Skript. Ich kann für einen einzigen Zugangsnummer dieses OK tun z: impor

python biopython fasta ncbi 2016-05-18

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Wie taxonomic spezifische IDs für Königreich, Phylum, Klasse, Ordnung, Familie, Gattung und Arten von Taxid bekommen?

Ich habe eine Liste von taxids der wie folgt aussieht: 1204725 2162 1300163 420247 Ich suche eine Datei mit taxonomischen ids, um von dem taxids oben zu bekommen: kingdom_id phylum_id class_id

bioinformatics taxonomy phylogeny ncbi etetoolkit 2016-04-08

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