biopython

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Biopython Parsen von Variable anstelle von Datei

import gzip import io from Bio import SeqIO infile = "myinfile.fastq.gz" fileout = open("myoutfile.fastq", "w+") with io.TextIOWrapper(gzip.open(infile, "r")) as f: line = f.read() fileout

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Wie kann ich eine Liste von Genen aus einer Liste von RefSeq Zugangsnummern (Nm_ <num> und NR_ <num>)

Ich verwende Python 2.7 und versuche biopython oder pyensembl zu verwenden, um eine Liste von Genen aus einer Liste von RefSeq Zugangsnummern zu erhalten . Gibt es eine einfache Möglichkeit, dies zu t

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Biopython: Wie bekomme ich den zusammengesetzten Namen der PDB-Datei eines Proteins?

Ive versucht, sie mit folgendem Ausdruck zu lösen: structure.header [ ‚Verbindung‘] Aber alles, was ich bekommen ist das Molekül id anstelle seinen Namen!

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berechnen Sie die Länge einer Sequenz nach dem Hinzufügen der Länge der vorherigen Sequenzen

Ich möchte Länge einzelner Sequenzen in einer Multifasta-Datei bestimmen. Ich habe diesen biopython Code aus dem Bio-Handbuch als: from Bio import SeqIO import sys cmdargs = str(sys.argv) for seq_r

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in Python bestimmte Teile einer Zeichenfolge ändern

Also im Grunde habe ich einen string: string_1 = '(((A,B)123,C)456,(D,E)789)135' einen phylogenetischen Baum mit Bootstrap-Wert enthält, wird eingeklammerten Notation (nicht wirklich wichtig für die

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Entrez.esummary ('Gen' db): Wie UID aus DictElement abrufen?

Ich versuche, Genübersichten aus der NCBI Entrez Gene-Datenbank abzurufen und zu speichern, und möchte auch die UID behalten, aber obwohl es dort ist, kann ich nicht den richtigen Weg finden, es aus d

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Fehlerbehandlungsdatei von der Befehlszeile mit biopython SeqIO

Dies ist mein erster Versuch, Kommandozeilenargumente außer dem schnellen und schmutzigen sys.argv[] zu verwenden und ein "richtigeres" Python-Skript zu schreiben. Aus irgendeinem Grund, den ich jetzt

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biopython Installation auf MacOSX El Capitan, gcc Fehler -Qunused-Argumente

Ich versuche biopython, zu installieren, aber diese Fehlermeldung erhalten: > gdr$ python setup.py build running build running build_py running > build_ext building 'Bio.cpairwise2' extension gcc -DN

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Datensätze in Biodomain wie Wordähnlichkeitsdatensätze in Word2vec und Handschuh

Ich trainiere word2vec zu biomedizinischen Texten. Um Wortähnlichkeits- und Wortanalogie-Tests durchzuführen, möchte ich Paare biomedizinischer Ausdrücke haben, die die gleiche Beziehung haben (könnte

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Ruft das efetch() von Bio.Entrez alle Metadaten eines PubMed-Artikels ab?

Ich frage mich, ob Bio.Entrez 's efetch() ruft alle Metadaten eines PubMed-Artikels, gegeben eine PMID als Eingabe. Mit allen Metadaten meine ich, ob PubMed mehr Metadaten als das hat, was efetch() ab