biopython

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Wie bearbeite ich UND speichere ich die Sequenz einer genbank Datei zu einer neuen genbank Datei mit biopython?

Ich habe eine .gbk-Datei, die falsch ist, und ich habe die Liste der Korrekturen, die das Format von „Adresse der Nuclotide: korrekter Nukleotid“ folgt exakt 1:T 2:C 4:A 63:A 324:G etc... Ich w

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Phyloxml: Suchen und Ersetzen in einer Datei

Ich versuche, Tipp-Etiketten in einer Phyloxml-Datei zu bearbeiten, so dass sie nur aus 4 Ziffern bestehen. Zum Beispiel, was ich derzeit unter dem Namen in der phyloxml-Datei habe, sind die IDs auf d

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Gibt es einen Weg mit Biopython, um die vollständige Zusammenfassung von einem Pubmed-Artikel zu erhalten?

Im Moment habe ich den folgenden Code, die pubmed fragt: from Bio import Entrez Entrez.email = "[email protected]" # Always tell NCBI who you are handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="bacteria

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Installation von biopython - Python 3.3 nicht in der Registrierung gefunden

Ich versuche, biopython für die Ausführung mit Python 3.3 auf einem Windows7-Computer zu installieren. Ich habe die biopython ausführbare Datei biopython-1.61.win32-py3.3-beta.exe heruntergeladen. Wen

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Wie konvertiere ich die drei Buchstaben Aminosäure Codes in einen Buchstaben Code mit Python oder R?

Ich habe eine Fasta-Datei wie unten gezeigt. Ich möchte den three letter codes in einen Buchstabencode umwandeln. Wie kann ich das mit Python oder R machen? >2ppo ARGHISLEULEULYS >3oot METHISARGARG

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Traceback im Smith-Wateman-Algorithmus mit affiner Gap-Strafe

Ich versuche, den Smith-Waterman-Algorithmus für die lokale Sequenzausrichtung mit der affinen Gap Penalty-Funktion zu implementieren. Ich denke, ich verstehe, wie man die Matrizen einleitet und berec

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Python Multiprocessing jeweils mit eigenen Subprozess (Kubuntu, Mac)

Ich habe ein Skript erstellt, das standardmäßig einen Multiprozess-Prozess erstellt; dann funktioniert es gut. Wenn mehrere Prozesse gestartet werden, beginnt es zu hängen und nicht immer am selben Or

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In Python, wie kann ich die Schriftgröße von Blattknoten ändern, wenn phylogenetische Bäume mit Bio.Phylo.draw() erzeugt werden?

Ich verwende das Phylo-Paket von Biopython, um phylogenetische Bäume zu erstellen. Für große Bäume muss ich die Schriftgröße der Blattknoten verringern. Es wurde vorgeschlagen, matplotlib.pyplot.rcPar

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Des Versuch, einen Python-Algorithmus parallelisieren Multithreading verwenden und die Vermeidung von GIL Einschränkungen

Ich ist die Umsetzung einen Algorithmus in PythonBiopython verwenden. Ich habe mehrere Ausrichtungen (Sätze von Sequenzen gleicher Länge) in FASTA Dateien gespeichert. Jede Ausrichtung enthält zwische

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Blast Zwei Sequenzen aus einem Python-Skript

Ich habe eine Liste von Proteinpaaren und möchte die Geschwindigkeit und Genauigkeit von "BLAST Two Sequences" mit einem Smith-Waterman-Programm für die Ausrichtung vergleichen. Ich weiß, dass es eine